在当前环保专项资金投入不断增加的情况下，从加强资金项目监管，确保环保专项资金安全使用和发挥效益方面，结合2012年环保部环保专项资金项目绩效评价试点工作，从环保部门和财政部门关注环保资金项目绩效评价重点内容方面，分析了绩效评价的层级关系。重点从环保部门角度出发，研究探讨完善环保专项资金绩效监管体系的系统工程理论，提出符合省级环保部门绩效监管的“闭环管理”及“前馈”“反馈”模型。根据所建模型，重点分析跟踪调度、指标评价、结果应用等方法流程，提出跟踪调度在绩效评价前期具有重要作用、评价指标体系应按项目资金分类进行区别和细化、结果应用应更加多元化等相关论点和具体解决方法。同时，在环保专项资金带动社会资金投入的“杠杆”作用、建立单位投入效益指标推动环保专项资金进一步整合、建立绩效评价机制和引入社会技术服务加大绩效评价覆盖范围等四方面对今后的绩效监管工作提出相关设想和建议。