1917年的9月10日，中山先生就任中华民国军政府海陆军大元帅职。国会选举伍廷芳为外交总长，唐绍仪为财政总长，孙洪伊为内政总长，张开儒为陆军总长，程璧光为海军总长，胡汉民为交通总长……随后任命方声涛为军政府卫戍总司令，李烈钧为军政府参谋总长，许崇智为大元帅府参军长。
　　同时任命的章太炎，则为大元帅府秘书长。叶夏声、马君武、罗家衡、张伯烈……等十数人为秘书。
　　此前的七月初，张勋复辟。
　　张勋复辟，和段祺瑞干政及其在后袁世凯时代的乱局，其关系密如丝网。稍后讨逆军向张勋部队发起攻击。张勋见大势已去，逃入荷兰使馆。
　　7月3日，太炎先生会同唐绍仪、程璧光以及海军各将领，在上海中山先生的寓所會商应对之策。
　　关于建立临时政府，以中山复称临时大总统，太炎大体赞同，而唐绍仪不同意。
　　最后议决以军舰护送中山先生去广州。同时议决以海军为主，出师讨逆。
　　几天后，军舰点火启程。太炎与朱执信、陈炯明、许崇智等乘坐海琛、应瑞两舰，随驾南行。去广州的原因，系以两粤为护法根据地。
　　海上风浪甚大，船行三天，到达汕头。
　　此时，段祺瑞已代国务总理，冯国璋则在南京代理大总统。
　　十二日，中山先生在汕头演说，受到民众的热烈拥戴。次日，他派章太炎和朱执信、陈炯明先行一步，前往广州联络会商。
　　中山先生说过：现有改变，皆赖革命之所赐。所以，不能以曾经的失败而否定革命的本质和意义。孙先生及其追随者所倡导的民治、民有、民享的理想，成为中国人从此追求国家强盛和世界认同的一个宏伟目标，从另一角度视之，这或许比建立一个强权的军政府而让世人唾弃更具有深远的历史意义。
　　中山先生到了广州，下榻黄埔公园。即以此处为行辕。同住者有章太炎、陈炯明、朱执信、马伯良等。
　　十七日，在广州，太炎向报界详述来粤之宗旨和讨逆之计划，太炎说，今日救亡之策，就是护法，护法的前提是必先讨逆，记者以及当地耆宿前来访问者不少，多问及时局走势。太炎说，此次来粤之宗旨，是在结合西南各省，扫除妖孽，建成真正共和国家。
　　当然，太炎的言谈之间，对于西南各实力派能否有此力量，或曰有否此种志向，深表怀疑。要害之处，“南北各省，讨逆之声，日震于耳鼓，几成一种普通口头语，试质之讨逆者之心理上，确能判别得顺逆二字清楚否？”
　　太炎总结道：“余此次与孙中山来粤，即欲切实结合多数有力者，大起护法之师，扫荡群逆，然后真正共和之国家，始得成立。”
　　记者仍表不解：张勋已经下台，怎的还要再起讨逆之师？
　　太炎摇摇头，轻叹一声道：你这话说过了！一个张勋倒下，更多的张勋以别的面目出现，不将这一群乱臣贼子廓清，无以言共和。
　　在此时，太炎之目标认定和操作路径都非常的清晰，他之所说，警切而周详。
　　两三个月的时间，太炎往来于香港、广州之间，争取龙济光等实力派参加护法军。
　　因种种人事纠葛，派系争斗，令人憋气，太炎向中山表示欲往西南活动，中山先生劝他稍缓，以免仓促行事加深此间的失望，加以军政府需要他斡旋诸事。太炎则说，到西南后，一可争取外援，二则督促唐继尧整合西南强大基础，倾力北伐。
　　中山先生最终同意了，遂议决太炎以军政府特别代表身份西行。
　　当时，太炎任秘书长，资格和气度、学识、人望，都是足够的，但是各种琐事函电，繁缛细碎的事情，令他烦闷而大起反感，因而也是不屑的。加以胡汉民任交通总长，但以胡氏的性格和习性，却是事实上的秘书长。他分内的事要管，分外的事情，也要插手，而且总是固执地坚持他的意见，若是理论方面，那倒也罢了；可是行政诸事，一旦起来纠葛，小则影响效率，大则搁置事项。太炎和汉民，远则可以互为呼应，近处却不免扞格纠纷。这也是他西南行的一个动因。
　　也许任职大元帅府参军长更适合章太炎。他不是杨永泰、也不是熊式辉，更不是那个国师迷杨皙子。但既在秘书长的位置上，就得勉力而为。
　　这次是前往川滇黔各军阵营，与之周旋揖让，但西南大小军头缠斗方殷，谁能听得进在他们看来是迂阔的大学者的话头呢，结果只能是言之谆谆听者藐藐。西南军政大佬对之表面尊崇，这是因为太炎是名满海内的革命元勋，而且此行代表孙中山。
　　参军长也是幕僚长，但章太炎所任秘书长则是首席幕僚长。从资格、修养、声望及与行政首长共事渊源而言，此位置非章太炎莫属。但就行政能力、办事手腕观之，多少有些力不从心。
　　张勋复辟之乱后，北洋孑遗毁弃约法，解散国会。九月广州国会非常会议开会，推选中山先生为中华民国海陆军大元帅，号召各省护法。
　　川滇黔先是响应护法政府号召，驱逐北洋吴光新军队以及川督周道刚，刘存厚和张澜分任四川督军和省长。川滇黔湘，加上两广，并不在袁世凯死后的北洋系直接控制之下，但其内部，种种纠葛及利益分化，导致其相互之间，虎扑狼咬，鸡飞狗走，形势极为板荡不安。
　　老川军刘存厚的背后是段祺瑞势力，而滇军罗佩金则是唐继尧的影子，黔军戴戡，他和贵州督军刘显世，则属于研究系的代理人。
　　罗佩金是四川督军，戴戡为省长，相互敌视。川军则有全川民众为后盾，对于宴毕仍踞席不走的客军渐渐不耐。
　　癸丑讨伐袁世凯，唐继尧藉此推行大云南主义，触角伸向四川。早前护国军与北洋军激战于川南，战后，拒不撤军，反而增派军队进入驻防。蔡锷还曾就此专电责备，迄无良效。
　　罗佩金藉裁军议项打击刘存厚，密请段祺瑞给予刘氏虚位调往北京，其事不成，罗氏又寻找较为弱势的川军下手，裁撤军队。川军醒悟，多位将领团结抗命。到秋天，段祺瑞准备重办唐继尧，吴光新率军开进重庆，熊克武系川军开出城外。十一月初，唐继尧移驻毕节督师，川军克服川南各县。北洋内阁任张澜为四川省长。年底，滇军卷土重来，攻击重庆，熊克武回防，吴光新逃窜。 　　十月下旬，太炎率队出发，带着大元帅府的印信，有少璜、宇镜、吴宗慈等助手随行。宇镜即郭宇镜，他1907年留学日本东京帝大政治科，民国初年任国会议员，黎元洪时期任总统府秘书，袁世凯称帝时，曾奋起声讨；曹锟贿选，因拒绝贿赂并发文申斥，险遭缉拿，此后离开北京潜至上海。少璜即平刚，贵阳青岩镇人，老同盟会员，时为大元帅府秘书。出发时，由广州、香港，取道越南，目的地昆明。直皖军头控制的北京政府，为了抑制广东军政府的扩展效应，派人专责安南总督，严防军政府人员过境，又责粤港的法国领事，拒签其护照。所以太炎出发前，护照办理，先改名字，易名为张海泉，随员每呼海泉，太炎辄闻而应声，以后每至码头站点，总能应付裕如。到了越南海防，华侨前来迎接，也得安全通过。
　　到了昆明，唐继尧着上将军礼服，率领佽飞军也即其禁卫军列队于郊外，场面熱烈，执礼甚恭。太炎这边与唐继尧相会时，也特制两面特大的红旗，由两位年轻力壮的小伙子高举前行，作为先导，以壮行色，兼示隆重之意，一时传为美谈。
　　在昆期间，太炎下榻于潮州人开设的八邑会馆。每天下午，都到唐继尧军署聊天欢宴。有时臧否人物、议论时局，往往到了明月在天、虫声唧唧而不自知。
　　当然空闲时间也颇多，唐继尧父母的墓志、碑上楹联，即为太炎手笔，均在闲暇中草就。
　　云南土酒，系沿续古法，以小曲小罐发酵工艺酿造，味道甘冽醇厚，有一天饮至兴起，满座俱行酒令，随员吴宗慈和王芷塘酒量小，又多输，渐不能支，太炎先生毫不犹豫夺杯代饮。饮毕，谈及民初往事，曾纵酒痛骂袁世凯，骂至痛快处，以致忘却时间，结果耽误南行的机车。如是种种趣事，令满座大笑。这日饮酒可谓开怀，以致一发不可收拾，回舍蒙头大睡，头重不能起身，结果竟醉卧三日，此后见酒辄觉可怖。
　　太炎到昆后，中山先生给他拍来急电，说已在争取桂系陆荣廷合作，假如太炎与唐继尧相谈甚洽，则事大有可为。事实上，陆荣廷拒就元帅职，不数日，太炎肯定回电，说唐氏可以相信，他决心北伐，且完全赞同军政府。
　　其实，这和广东方面对于陆荣廷的运用一样，都是虚假的信息和表象，只是唐氏虚与委蛇而已。在太炎到昆的两三个月前，李烈钧就曾衔中山之命，持书赴滇，敦劝唐氏出师护法，兵锋北指，以讨逆贼。唐氏当时言之凿凿“决心亲率三军，长驱北上”，实则按兵不动。到了11月上旬，事态急转，北京政府冯国璋下令修改国会组织法，同时下令通缉孙中山。太炎在昆明立即通电反对：
　　“……按冯国璋行事，于倪逆称兵则养寇中立，于张勋复辟则端坐事成。罪比段氏，初无末减。近复伪设参议院，逮捕非常国会议员，骫法灭纪，出于自动，非段祺瑞所能诱胁，抑吴光新、傅良佐专属段氏部曲耶？而二人实受冯氏命令，不能以段氏私属视之。譬如两水合流，强分泾渭，理所不可……”
　　他对冯国璋的危害看得甚清，可谓明察秋毫之末；而对唐继尧等人的阳奉阴违，则一面出于目光遮蔽，一面也出于军政府实在无奈，只有单方面被动地依之、信之；他对于台上的冯国璋相当反感，认为他这直系的首脑和皖系的头子段祺瑞一样，毫无倚靠的可能。
　　隔天，中山先生拍来电报，说是程璧光和陆荣廷已有联合的趋势，重点在西南，希望太炎以其自身影响力作用于唐继尧：“先生（指章）望重海内，唐必能见听。除另电请即宣布就职外，务望速为劝驾。”可见中山先生已迫切到按捺不住的心情，盖因陆、唐均扭捏作态，疏离军政府。而中山先生以为，只要唐继尧作出有所靠近的动作，则陆荣廷也就不至于疏远。几乎隔一二日就有电报，内容不外劝唐就驾。同时剀切阐明北方军阀对于西南密切注视，正千方百计挑拨离间，故当抓住其弱点，予以利诱分化，使其无暇北顾。
　　12月初，章太炎电告孙中山，说是湘桂联军已攻下长沙。中山立即复电，告知内情，盖以陆荣廷所部出兵攻长沙，意在攫取湖南的控制权，一旦取得，其欲望满足，就不会再跟冯国璋计较。所以，孙先生又让太炎敦促唐继尧，把四川兵事处理好，然后贯通长江，分兵东下。如此大势在握，则川中刘存厚等等，不在话下矣。
　　孰料唐继尧无此之图。
　　吕思勉先生说，康有为、梁启超、章太炎三位，都是长于计划、短于任事的。这是其学者本色，不能看作他们的短处，运筹帷幄于决胜疆场，不能并为一谈。此乃分工之道，军事是这样，政治也何独不然？
　　章太炎虽非军事专门家，但其渊深的学殖，史地的脉络，纵贯于胸，长期奋斗革命，处于兵燹处处的板荡时代，他的战略观仍有可赞之处，他对历史上幕僚的定位，不仅在通常行政上的襄助，更上升到战略策定的高度，他是这样表述的：
　　史传诸体，应增即增，不必限于前例。今若重修清史，应增《幕友》、《货殖》二传。前代虽有参军一职，实系军府僚属，与清代布衣参地方官之幕者不同……（《国学讲演录》之《史学略说》）
　　此时太炎对唐继尧剀切阐述他的战略方针：
　　如今南北对峙，如不能取得湖北，则难以取均势。桂军已进驻湖南，荆襄黎天才、石星川急于独立。阁下如果非得等到底定重庆、控制成都不可，然后才挥师东下，那么恐怕费时良久，夜长梦多，中途难免出现变化，语云计划不如变化快。再说川军挟民意，于滇军衔恨久之，阁下控制四川，恐怕难度巨大。“宜分兵自贵州出湘西，取辰、沅、常、醴为根本，北与江陵相望，黎、石一起，计时湘中亦下矣，乃与桂军会师武汉，敌人震悚，形势在我。刘存厚亦焉能倔强也！”（参见章太炎《自订年谱》）
　　这个不能不说精打细算、考虑周详。然而唐氏别有怀抱，自然也就言之谆谆听者藐藐了。其间，孙中山还不死心，仍在满怀期待地敦促唐氏出兵。无数次地专电致太炎，请其面告唐氏“望蓂帅速出宜昌，趋武汉，下游响应者必群起”，甚至军政府发行的内国公债券也直接派军人护送，取道广西，运抵云南，供其筹措军费之用。
　　其间又有一个插曲，有一名叫赵端的人，在云南活动，说他是广东军政府派出的招抚使，行为招摇。章太炎觉得事颇离奇，心甚惴惴，当然也有些恼火，遂电询中山先生，是否已重新派出招抚使来接替他的工作？孙先生立即电复，说绝无此事。并说假如此人有招摇撞骗或逾越轨范的事项，请他直接和唐继尧商量处置，且谓滇川兵事，已委太炎和黄复生办理，在事权方面是明白的，安慰他不要多想。正在这时，湖北襄阳镇守使黎天才宣告自主，率第九师全体官兵并联合第一师宣布独立，明示脱离北洋政府，孙中山遣专使慰劳（这位黎天才生于1865年，不是东北军的黎天才，后者生于1900年），导致北洋均震动不安。随后他被推举为湖北靖国联军总司令，带领靖国军全力投入护法战争。太炎将此信息迅报中山。中山立即复电，认为黎天才此举甚佳，此时用兵宜在中原，且不能再拖延，应即刻促使滇军顺流东下，羁控长江流域，问鼎中原，造成破竹之势。 　　在昆逗留半个多月，随员们直接前往重庆，太炎和唐继尧则转往贵州毕节，因其三省联军总部在此。出发那天，唐继尧以军官护卫将旗，军容颇振；谁知章太炎也派人骞旗，上书大元帅府秘书长，字迹显赫，旗帜面积超过唐氏将旗三分之一，唐部副官以此汇报，唐继尧笑而不语，还让副官随太炎先生先行，照料生活；而他自己又缓行一步。
　　到了四川军事紧张之际，段祺瑞和冯国璋翻脸，冯氏赌气南下，到了蚌埠被倪嗣冲阻拦又回了北京。江苏督军李纯，主张接近广东军政府，遂与唐继尧电商，意欲参与护法。太炎觉得，对于北洋孑遗而言，此时似可联络直系共倒皖系。于是急电唐氏，词意急切，已和先前的从容有所不同，主旨就是催促其迅速出兵，并明示不可有始无终、不可陷人于不义！唐继尧见此已无法推脱、且有误会之虞，乃派人面告太炎，说是他的政治主张绝对坚定，但手段途径又有多种，所以一些既定策略未能立即照办，望加原谅，并发誓绝对不会辜负孙中山先生。一场误会算是涣然冰释。
　　太炎出发时，口占《发毕节赴巴留别唐元帅》赠唐继尧：
　　旷代论滇土，吾思杨一清。
　　中垣销薄蚀，东胜托干城。
　　形势稍殊昔，安危亦异情。
　　愿君恢霸略，不必讳纵横。
　　杨一清是明代名臣，经历成化、弘治、正德、嘉靖四朝，施政刚正而睿智，积功官至内阁首辅。当任职督理陕西马政时，力矫积弊。禁止不法商人垄断茶马交易，改由官方专管茶马贸易。后任三边总制，经略边防，吻合山川军事地理，赵藩有诗赞他“将相功名一代中，诗歌卓有杜陵风”。以杨氏比配唐继尧，可谓寄托遥深，是相当有分量的赞誉和推崇。
　　又有记感记游的《黑龙潭》：
　　昔践松花岸，今临黑水祠。
　　穷荒行欲匝，垂老策无奇。
　　载重看黄马，供厨致白罴。
　　五华山下宿，扶杖转支离。
　　松花岸乃当年太炎为袁世凯派往东北边区时所见象征性景物，黑龙潭则在昆明北郊不远处，明代始为名胜，也即汉代益州郡的黑水祠。潭水呈深碧色，相传有黑龙潜伏。周围是郁郁苍苍的千年古木。从东北的松花岸到西南的黑龙潭，空间距离遥远，但曾经都是荆榛遍野的边区。遥远的边塞之地差不多走遍了，但作为民国高级幕僚的身份，并未有多少锦囊妙计应用于实际。载重句自注：云南皆以马任重，饮食则有野味。五华山也是昆明的名胜，住在这里，支离的身体依着拐杖，事情并不顺遂，临行前，思致进入一种茫然的混沌状态。
　　办事不顺，对于社会人心总的概括，正如他彼时写给吴承仕的谈理学道学利病书所说“今之所患，在人格堕落，心术苟婾。”真可谓卑之无甚高论了。
　　在云南期间，太炎尝为唐继尧部队将领讲学。唐氏喜言姚江学。此即阳明学派，王守仁余姚人也。讲究心即理，致良知，知行合一，本来是很高明的，但在发展过程中，也易滑向玄学。太炎从观察风土的角度，以为南中人性特殊。南中则为今天的云南、贵州和四川西南部，这一带人的性情，在太炎看来，“有主观，无客观，将帅能破敌，不能抚民；军旅能乘胜，不能善败。”他干脆告诉他们，与其研究姚江学派之学理，不如就近（时间上是就近）师法曾国藩。
　　十几年后，陈布雷也来到昆明，住在翠湖边上，随蒋先生游览滇池。这期间，他见到了云南人袁嘉谷——就是超越张一麐被点经济特科状元的那位。他曾任浙江提学使，与陈布雷有师生之谊。相见甚欢，袁先生给他介绍了很多滇中名宿，陈氏的感觉是，这些人的言论，“皆通达时务，洞明学术，虽规模稍狭，然较之在黔之荒寂，自不同矣。”
　　有主观无客观，这个判断，是否与陈布雷所说的规模稍狭相近似？
　　太炎离开昆明，取道曲靖，入贵州，在威宁、毕节小住，于1918年1月10日到达重庆。到渝首日，即往巴县邹容祠礼拜，巴县即今重庆市渝中区。当地人称邹容为邹大将军，故此处呼为大将军祠。邹容家乡亲朋故旧生活情形还好，这令太炎甚感安慰。
　　此时吴光新部队正试图反攻。滇军顾品珍部出没川东川南一带。
　　熊克武电请唐继尧挥师东下，唐氏无动于衷。
　　太炎到达重庆时，西南军头的大略情形是，唐继尧为川滇黔靖国联军总司令，熊克武为四川靖国各军总司令，中山先生令其讨伐刘存厚。联军进攻成都，致使刘氏在三月份退至陕南。孙大元帅任命熊克武为四川督军，杨庶堪为省长。这是四川政权首次掌握在同盟会旧人手中。
　　甫至重庆，又接到中山先生的电报，孙先生说，得知太炎到达重庆，非常欣慰，而当他行经贵州威宁时，孙先生未能及时回复，是因为怕他在威宁逗留时间短暂，而且山间行路，想必极劳瘁。电文是指示太炎和熊克武、黄复生、卢师谛等人面商一切，并鼓励他们破除顾忌，提兵进取。至于川中军政人事，也让太炎和他们商量后，密复给孙。
　　原来在太炎经过威宁时，曾拍发长电给中山先生。電文所报有三端，一是川黔与北军交战的战况；二是川滇军政的分析，川滇两军的巨大隔阂；三是请求孙中山对太炎本人加以委任，因太炎拟在泸州设立“军政府驻川临时办公处，请公任炳麟为临时办事全权委员，任命状外加一公文。并另文声明，凡川中军政、民政、财政、外交等事，由全权委员就近承商唐帅便宜处理。”（《四川军阀史料》第二辑，《孙中山在护法时期有关川事往来电文》四川人民出版社）此外，尚有其他人事任命的提议。当他抵达重庆，次日即致电中山报告川中最近战况。太炎何尝不想在实际政治中干出一番事业？事实是他在西南军头那里所得待遇是尊而不亲，史家高拜石先生说他“颇有刘伯温的思想”，正是在出使西南时节表现最为清晰。经纶天下的抱负表现至为明显。包括要求孙中山授其全权，即为明证。
　　此时，孙中山是最难做的，表面上，谁都遵从他，谁都从自身利益角度报告战况，各路诸侯都会选择报告的焦点，都各有理由和说辞。但对孙先生的命令和指示，各人又都是有选择地执行，或阳奉阴违予以剪切，落实起来大打折扣。
　　熊克武自有说辞。护法军政府成立后，中山先生先是任命了黄复生、石青阳、卢师谛等人担任军政要职。熊氏说：直到中山先生得知我被川滇黔各军推举为川军总司令，才予加委。并在致章太炎电文中慰勉有加：“克武兄兵力既厚，又得人心，洵吾党难得之士，望执事励其破除顾虑，提兵进取，安国乃所以保川也”。揣摩其言辞的潜在心绪，颇多委屈。 　　中山先生的意思是要各省组织军队讨伐北军。但是在西南各省，各种实力军头尽兴招兵买马，以遂其私。当章太炎前往湖北时，川军内部又打得不可开交了。首先是编遣军队，熊氏将川军编为八个师旅，分别是刘湘、但懋辛、向传义、刘成勋、吕超、石青阳、颜德基、陈洪范，另有黄复生、卢师谛等。除前三者是旧川军，后几位都是新川军即同盟会旧人范畴。刘湘所部为前清十七镇的老底子，刘成勋、陈洪范是刘存厚方面转过来的。另外民党内部还分实业团和九人团派系。再后来为了盐税、造币、人事方面的卡位战，熊克武和省长杨庶堪的矛盾终于激化，各人为了自身的考虑，纵横捭阖，八方交错联络。于是滇黔联军和北方军阀乘虚而入，终于酿成1920夏季开始的大混战。
　　太炎紧接熊氏之后，又电劝唐继尧：您认为云南贫瘠偏远，欲得四川控制手中，但川人对您的成见很深，不宜硬来蛮上啊！而湖北就大为不同，此地物阜民丰，不减四川分毫，最为关键的是这地方的人不特对您不反感，反而非常欢迎！部队后勤全可解决，还有什么顾虑呢。随员郭宇镜甚至劝他不要重蹈吴三桂覆辙，以吴三桂事来作讽喻，其力度可想，且谓“公宜速出，免为深山穷谷中人”，用词极端，意在以此激怒之，然唐氏竟不为所动。
　　吴光新反攻，石星川、黎天才败绩，但湘桂民军小有斩获。于是太炎急电湘桂联军总司令谭浩明攻打武汉，谭浩明是广西人，武昌起义后以广西巡防营营官起家。这时他驻节岳阳，对于太炎的建议，曲辩推脱，说是攻击武汉容易，但无法防守。太炎就说，就算岳阳也不是易守之地，倘若攻下武汉，纵令不能进取，但还可以岳阳为屏障。否则，你想在岳阳安睡必不可得。太炎的答词，就军事战略而言，是非常高明的。
　　话说到这分上，谭浩明只得流露真实心声，也即其心病之所在。他说：先生您应尽快让唐公继尧总司令攻击宜昌，那我就进攻武汉！
　　这时岑春煊住在上海，南北挑拨，如饮狂药。他刚得了冯国璋一大笔钱，就劝谭浩明千万不要出兵武汉，并在头绪繁多的湘桂各军尽行挑拨，使之互掐。
　　其时吴光新以其精锐部队袭击秭归、巴东，黎天才部不敌，逃入巫山；而云南临沧人、时任靖国军第八军军长的叶荃率兵援鄂，与吴光新所部接触，实施战略撤退，部队纹丝不乱。此时太炎先生对于部队长的印象，唯一对叶荃评价较高。
　　对于西南最大的实力派唐继尧，太炎屡屡苦口婆心，用意良苦，然而收效甚微。
　　唐继尧先是扭捏迟迟不动身，等章太炎去了湖北，他却移动大驾，前往重庆。行到綦江时，川内各派将领均前往迎候，并请示意旨。唐氏故意透露北方的关系，说是新国会选举徐世昌为大总统，望西南支持，而西南军务，则由徐世昌委托他全权办理。
　　他到重庆前由其参谋先行布置行辕，又借停在江面的美国摩托艇供其乘坐。所有重庆码头至行辕路段一律戒严，大型仪仗队除背上新式武器外，还又手持方天画戟，由重庆各界代表在总商会举行盛大欢迎会，场面壮阔。唐氏指定专人所拟欢迎词，有谓“天生我公，仗义护国，爰整义军，剪此顽匿。劳神经岁，四民安堵，拯于水火，沛沛霖雨。西南护法，公实谋主，声罪讨贼，渊渊作鼓，敦善卫良，感公之赐……愿公寿考，祝公无艺”。可谓恭维备至。
　　唐继尧到重庆的真实企图是抛出三省同盟计划书，诱惑熊克武任其副手，也即三省联军副总司令。
　　当太炎离开恩施去湘西时，唐继尧才到重庆，“熊克武迎于江岸，磬折待事，导入邸中，晨起上食，晚亦如之”，太炎在其《自订年谱》中如是写道。
　　而在熊克武的笔下，全然不是这样。但对于两者龃龉扞格，所谈极不融洽的关系，则太炎的判断和熊、唐两人的肚皮官司、同床异梦，倒是符合事实。
　　唐氏甫至重庆，当晚就邀请熊克武到其行辕商谈。唐氏早有准备，他自袖中出以资料，迫熊氏在事前拟好的三省同盟计划书上签字。举凡重庆、西昌、自贡各属二十余县，尽是川南富庶之区，皆划作滇黔联军防地。其余条款，涉及盐税、关税、烟酒等等，后更谈及四川各师编制，也是事先拟就的腹案，熊克武一见有如冷水浇背，愤激中态度转硬，谈判遂陷入僵化，此时滇军各师旅长鱼贯而入，熊氏见势态险恶，只得同意部分条款，方得脱身。
　　但懋辛对于唐继尧图川的企图，可说是电灯照雪——明明白白，知道甚为清楚。他曾亲见其致入川滇军的密电，谓“奉调入川之军，应将所到之处视为家乡，勿再萌回滇之念”，即是其扩张野心的明证。至于太炎以秘书长以孙中山特使身份到滇，授唐氏元帅印，唐并不就职，如此等等，但懋辛视为唐氏阴谋的明证。而章太炎针对唐继尧言之谆谆的谋略书，即贯通长江流域一番兵略意见，但懋辛认为这是章太炎深刻看透了唐氏心曲的对症之言，“唐卒不能从章言。滇军其时几控制全蜀，卻北不逾秦岭，东不下荆襄，不听命于孙中山。恣意专横，终至孙的护法中摧，愤而谴责：南北军阀皆一丘之貉。”
　　章太炎来后，表面的尊隆一点不缺。但是言之谆谆，而听者藐藐，章太炎曾是同盟会的言论领袖，毕竟这些人算得是他的学生或崇拜者。
　　熊克武的辩解不无道理“阻挠北伐，这是个很大的罪名。唯一证据，就是我反对唐继尧的准备北伐案。问题的焦点在于，唐继尧是真北伐乎？还是假北伐之名行兼并四川之实？……”熊氏指出孙中山先生任军政府大元帅，而唐、陆二人始终不肯就职，先是消极，再后与北方相勾结，终于取消元帅制，改为总裁制，迫使中山先生下台。七总裁的广东军政府已蜕化为滇桂军阀向北方投降、讨价还价的工具（参见四川军阀史料第二辑《四川护法期间内部分裂与滇唐入侵》，熊克武文。）
　　除了滇黔的虎视眈眈、动手动脚，四川同盟会旧人内部也形成九人团和实业团的圈子。九人团以熊克武、但懋辛为首，实业团以谢持、杨庶堪为首。这种对立的情形，又是同盟会总部矛盾影子的投射。二次革命后，中山先生怒于党人的松散，愤而改组国民党为中华革命党，因签名按手印和黄兴意见对立，黄兴乃转南洋经此出国游历。于是国民党顶层出现分裂，形成东京派和南洋派。东京派以中山先生为首，胡汉民、汪精卫、陈其美、戴季陶从之；南洋派以黄兴为领袖，李烈钧、陈炯明、李根源、方声涛从之。 　　熊克武后来回忆说，他回川后，很少与中山先生信使往还，“而谢持、杨庶堪长期随侍先生左右，获得先生的信任，成为党内和政府的重要人物，对于四川问题的处理，自然先生采纳他们二人的意见……”（《四川军阀史料》第二辑90页）
　　熊、杨都是中山先生的老部下，但后来对熊稍疏远，对杨庶堪则器重有加。章太炎到重庆后，广州大元帅府发表杨庶堪为四川省长，杨未到前，由黄复生代理，熊克武却以川军总司令兼摄军民两政，并单方面任命但懋辛为代理省长。深秋杨庶堪到重庆就四川省长职，其后处处受到熊克武的掣肘，行政难以推行，一筹莫展。此时杨庶堪保举廖仲恺为财政厅长、蒋介石为全川警务长，熊克武系的省议会副议长径电中山先生表示反对此项任命，但廖和蒋已经束装就道，行至上海，廖仲恺闻讯只得折返广州。而蒋介石则迳行到达重庆，见形势扞格，乃废然而返。
　　从寒冬腊月到重庆，到了初夏，忽然一个日本人不远万里，来到重庆，特意找到章太炎，说是唐绍仪到了东京，为徐世昌上位寻求奥援。以此事征求太炎意见，太炎气不打一处来，说，祸乱中国的首要分子，就是这个徐世昌，我和他没完！不会让他安宁。
　　从广东出来算起，再到重庆，几个月的时间漠漠流逝了，事情头绪纷繁，然而目的只有很明确的一个，那就是促使西南各军，向北出击，然而尽管太炎唇焦舌敝，左右为难，那些人仍然是举棋不定，目的很近很近，实现遥遥无期。
　　这天太炎坐在那里，满脑子的茫然无措。想到护法端绪，不外乎一种聚沙成塔的拉郎配，陆荣廷、唐继尧各有腹案，伸缩宛转，迄无人样。滇川打成难分难解的一片，较为独立的黔军也毫无运用的可能，这些军人成天说着要为戴戡报仇，性质上倾向滇军，但又不肯用靖国军名号。总之于国家民族毫无增益，只是偏远地方军头的蜗角之争，蠢蠢蠕动，如虫如蛆。中山先生虽然影响力绝高，但却没有如臂使指的军事力量，只得辗转依托各地军头，这些人从隶属关系而言不少人乃是先生的部下，然而割据一方，只做名义上的或礼貌上的拥戴，种种事实，令人气沮。
　　太炎想来想去，眼下和周边，实力地方军人，呈现这样的布局：
　　荆州一带，至恩施广大之一线，有唐克明的江陵军，唐氏光绪年在湖北新军第八营、后升地二十镇协统，护法时期，号称靖国军第一军总司令。
　　蔡济民也在湖北，他是武昌起义元勋，他在偏僻的利川，拉起一支小部队，号称鄂西军。军力支绌，曾再三派遣参谋往川军求援。
　　田应诏在湖南沅陵一带拉起队伍，号称湘西军。田氏乃凤凰县人，晚清留日在振武学校曾与蒋介石等同学，入同盟会，辛亥革命他在南京奋起响应，担任敢死队长。1916年成立湘西护国军，为总司令。
　　这些部队名头很大，然其实力甚微，有的一个军，军长手下只得四五百人的实数。他们都是西南、中南的民軍，属于小股部队，互相之间还不团结，屡有拆台之事。以之抗击北洋系，无异以卵击石。
　　当时西南军阀大耍两面手腕，桂系莫荣新、陆荣廷从中作梗，党人有推程璧光为粤督之议，更招桂系疑忌，璧光寄寓海珠，常微服独行，鲜有如当时军阀之前呼后拥。1918年的2月26日，程璧光步行至广州海珠码头，旋遭凶徒持枪狙击，程先生饮弹倒地。中山先生闻耗立刻赶赴现场，大恸不已，并谓程先生之死是中国革命之莫大损失。程先生殉难后，中华民国军政府明令缉凶，优予治丧，颁令行国葬荣典，后追赠海军上将，并于海珠铸立铜像，以垂不朽。
　　护法之役发动后，冯国璋特任傅良佐为湖南督军，率领部队南下镇压，南北再启战端。而中山先生作为中华民国军政府海陆军大元帅，也发出对段祺瑞的通缉令。通令指出：“段祺瑞阴贼险狠又过于袁世凯”，“此辈阳托共和，阴行专制。”
　　就在饶平方面的战斗展开之际，一天傍晚闻鼓号齐鸣，阵地前有人率千余人来降，原来这是浙军的陈肇英团长阵前起义，领队来归。
　　整个形势原本不错，但又被易反易覆的陆荣廷反水给破坏了。他突然就勾结北方，对抗军政府，于是军政府又只得改为七总裁制，中山先生辞职离粤，岑春煊为主席总裁。
　　中山先生此前揭起护法旗帜时，段祺瑞向南方开刀，陆荣廷害怕北军势力侵入，乃向军政府靠拢。但这些人私心观念为上，时时打着贪婪的算盘，更作联冯（国璋）倒段（祺瑞）的政治投机，以及联直反孙，于是护法又归于失败。至此更可说明，跟首鼠两端的烂军阀，不可能有任何蜜月可言。
　　鸦喙铁牛，无处下口。太炎久处西南，费劲移山心力，自觉毫无建树，此时异常沮丧。他又想到他之所来，是受中山委托，此间疑难滞碍非外人可道，而中山应该明白，但孙中山的性格却是和太炎全然异趣的愈挫愈奋！太炎沮丧时，中山还劲头十足。对于处事的方法和今后的走向，此时出现明显的各执己见的苗头。尤其念及年初中山率领豫章、同安两舰，驶到广州白鹅潭，亲自向桂系陆荣廷心腹莫荣新督军署发炮轰击一事，越想越闷、越闷越想，事情便无限放大，得出的结论竟是：“孙公矜躁失众，尝自乘军舰发炮攻桂军，似高贵乡公所为，知不可留。”
　　事情千头万绪，纷乱如麻。想了几天，太炎更加不能解脱，尤其对于中山和桂军矛盾公开化念念不已，于是“前之苦心，遂为灰烬。发意欲归乡里。”
　　可见在这时，处处不见效果的时分，章公已萌生去意。中山本是气急极而为，太炎定性为矜躁，且以曹髦之事作比方。
　　曹髦乃曹丕之孙，曹操曾孙。司马师废曹芳，立曹髦为新君，他即位前是为高贵乡公。曹髦当时只得二十岁，但看人眼光敏锐。于司马家族之阴谋及外露之专横屡表不满，且谓“司马昭之心，路人所知也”，这句话传之后世，乃观察人物之名言。遂带仆从数百人发起政变，着铠甲执兵器，欲击杀司马昭，事为后者侦知，予以反击，曹髦死于武士成济刀下。
　　太炎在重庆尝试受邀讲学，当地知识界人士求其开示、点化。他对此早已有所思考，于是慨然说道，四川文化，通儒有大名而能自成一家者，和下江不能比；但在总体上，读书人数量不少；从文化浸染程度而言，且不在下江之下。近代以还，巴蜀地盘，棒老二土匪横行，就算地方军队也受其骚扰，一般商界，更受其攻击抢掠，可以说匪患大于他省。然而，太炎又发现一个明显的特点，就是四川的土匪，无论怎样凶悍，但对于文教界，却能特别照顾。“然爱慕儒先，相戒勿劫教员，化亦美矣。”但就一般人群，却又轻佻淫佚。因此太炎就对川中知识界贤达说到，四川山重水复，自成一种区域。但从刘备到张献忠，这些割据分子，都是外来者，不是本地人，文学不能有大成，“宋世二苏，善为章奏”，并谓武功方面也缺乏经纬之才。就算苏家父子，在太炎心目中，仅仅是善于缮写章奏罢了！令人想到钱钟书《围城》中，那个董斜川，答方鸿渐问，说是“苏东坡，他还差一点！”基于此种认识，他建议当地人士研习《资治通鉴》、《文献通考》、《方舆纪要》这三部书。他以为，学术当切近现实，不必好高骛远。 　　有学者这样评价护法运动中，对于西南势力的运用：“护法运动，从一开始就有一个致命的弱点，这就是它不是把力量的基点置于民众之中，而是放在所谓有力者、西南各省、亦即以西南各省为主的一批地方军阀身上。”（姜义华《章太炎评传》第八章，百花洲文艺出版社1995年版）
　　此说似欠审慎。民众正值嗷嗷待哺之际，怎能起来反抗？如若动员成太平天国样式，生民罹于涂炭，社会的毁伤又是何等的巨大？当时社会所面临的问题，往往由这些有力者造成，那就正该找彼辈负责，也是定点解决问题的最佳方式。
　　事实上，孙中山先生的方略甚为高明，即如吴佩孚，后来亦坦承，国民革命之必须及其正当性，是国家民族的希望。其他向革命革命军靠拢的军头，自不用说，形势比人强嘛。至于像杨森那样，反思到了透彻磊落的地步，他在抗战前说：
　　“我们过去打内战，对不起国家民族，是极其耻辱的。今天的抗日战争是保土卫国，流血牺牲，这是我们军人应尽的天职，我们川军决不能辜负父老乡亲的期望，要洒尽热血，为国争光”，可谓发自肺腑的切肤之言。而其转换的过程，乃是自护法以来，党人孜孜矻矻的努力所造成的结果。
　　各类大大小小的军阀需要一个消化的时空渠道，藉此不难看出护法以来及国民革命推进过程，所取得的国政及人心的进步。其间，自然包括太炎出使西南、备尝艰辛的万里跋涉，及其幕僚作业隐含的功用。
　　西南之行，呕心沥血，劳精耗神，可惜言之諄谆听者藐藐，正是黄柏木做磐槌子——外头体面里头苦，回到上海，太炎痛极、忿极，却也无奈已极。
　　对于原先葆有极大冀望的唐继尧，失望最大，说他“外人徒见其宣布明电，慷慨自矜，而密电私议，实多不可告人之语。言和不过希恩泽，言战不过谋吓诈。里巷讼棍之所为，而可以欺大敌欤？”因而断言“西南与北方者，一丘之貉而已”（参见《对于西南之言论》）。
　　西南不过是这些军头的发迹之地，所有动听的名词、言论、口号，只是这班家伙遂行方镇割据的幌子，太炎对于西南诸人，印象十分恶劣。
　　然而，这种情形如何处置？如何补救？如何振起？太炎只有叹息，叹一声卑之无甚高论。可惊奇者，痛定思痛，他下了这样一个判断：“中土果有人能勘除祸乱者，最近当待十年以后，非今日所敢望也。”（1918年12月《对于西南之言论》）在一种无可如何情势之下的话语，后来果然为斩截的事实所证明，十年，一点不差，如此高明判断，端的是水银泻地般的神机妙算！十年后，北伐底定神州，割据彻底扫除，形势全盘刷新。