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在卫星钟差二次多项式模型的基础上,考虑钟差的随机性部分,利用最小二乘配置方法建立了钟差预报与内插的钟差推估最小二乘配置模型。对于该模型协方差函数的确定,通过选取经验函数,对比协方差函数拟合方法并结合实验得出了其协方差函数表达式中参数的合理取值范围。最后将该方法与常用的钟差预报算法和钟差内插算法进行比较,验证了该模型在钟差短期预报方面的有效性。