南京市政府于2006年推行的全市近200家二级以下的医院全部实行“药房托管”，既给南京的医药流通企业带来了扩大市场占有率的机会，又是对其物流配送体系的极大考验。
　　这次实行的“药房托管”政策，主要是指将医院药房的所有权和经营权进行分离，所有权仍归医院，经营权则交由托管企业，经营利润双方分成。具体而言，就是医院只专注于治病救人，将更多的时间、精力、财力、人员等资源用于为患者提供更多、更好的医疗服务上，而其药房则由被选中的医药流通企业进行经营、自负盈亏。这就意味着提供托管服务的企业将对医院药房进行直接管理、对医院的用药需求要保证满足，这对绝大多数的医药流通企业而言，物流服务能力成了参与药房托管的关键。
　　不过，我们应该认识到，药房托管对医药流通企业而言是机会，但更多的是考验，体现在三个方面。
　　首先，在现行的“药房托管”中，过分强调医院的经济利益。例如，一般医院的药品销售收入在医院总收入的25%—50%之间，而实行药房托管政策后，不少医院要求托管公司每年上缴的“管理费用”都超过了40%，甚至有医院还要求托管企业交纳数额不低的“押金”。我们知道，我国2004年医药商业行业的毛利为8.2%，行业利润率仅为0.57%，仅目前管理费用这一项，已经给接手医院药房的企业带来了不小的经营压力。这不但有可能造成药房托管企业将药品经营的压力向普通患者转移的事实，而且对药房托管企业的物流运营也带来了不小的压力。
　　其次，“药房托管”要求接手药房的企业充分保证医院的用药需求，这就意味着托管企业需要对托管的药房既要频繁补货，又要降低库存压力。为了扩大市场占有率，提高企业自身在医药流通环节的话语权，许多中小型的医药流通公司也纷纷参与药房托管中来，但是随着托管的药房越多，物流服务能力不足表现的越来越突出。尤其是在医疗市场并不干净的现实状况下，用药需求完全由医生决定，这对中小型的医药公司而言，高昂的物流成本很可能使药房托管成为一份中看不中吃的大餐。
　　最后，药房托管的另一个难点就是管理的压力。在药房托管中，往往强调药房人员的人事关系不变、福利待遇不变、而管理则由托管企业负责等，这在经营压力本来就很大的情况下更容易造成药房托管企业与医院人员之间发生矛盾；尤其是在医药流通企业本身不擅长于对医院药房进行管理的情况下，更容易造成双方合作失败。
　　药房托管处于“医药分家”的过渡时期，是降低我国医疗成本的一个实验性举措，其实际效果如何需要时间来验证。在现阶段，希望有关部门能对主动接受药房托管的医院与企业提供更多的政策支持。