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科研项目经费管理在我国财务管理中具有特殊地位，加强科研项目经费的财务管理对于提高经费使用效益，加强科研工作具有重要意义。只有正确认识当前我国科研财务管理面临的形势，针对其特点和规律，采取有效措施，才能发挥我国科研项目经费的实际意义。
一、当前我国科研项目经费管理存在的主要问题
(一)科研项目经费预算管理弱化
这主要表现在：1、经费预、决算的弱化。在现行的财务中，维持性经费都存在预算不科学的现象，对于专项的科研项目经费本身存在着其特殊性，当然也不能避免编制预算缺乏科研性，科研项目经费的预算与实际存在一定差距。这就导致了计划与保障、监督与控制脱节。降低了经费的整体效益。2、科研项目经费预算执行存在漏洞。不管是维持性经费还是科研项目经费的预算一经批准都将成为今后财务活动的基本依据，但有些项目支出没有严格按计划，按预算开支。有的项目经费支出没有严格执行标准和审批程序，随意增加或扩大科研项目经费的开支范围。因而有必要规范科研项目经费管理，杜绝一些不正常的开支列入成本，维护管理制度的严肃性。
(二)科研项目经费的成本核算管理还需加强
当前我国科研经费的成本核算管理仍然较为薄弱。不能核算科研项目中的各项成本要素支出，尤其是一些间接费用，有的甚至还没有成本核算。水电费、固定资产使用费和各级管理费的核算不能完全据实分摊，有些还是采取计提的方式，从而导致科研项目成本不实。同时还存在着科研项目经费在经费、人员、设备、场地等诸多方面相互交叉，界限不清的现象。因此，要加强我国科研项目经费的成本核算管理，确保科研项目经费产生应有的效益。
(三)财力宏观调控有待进一步加强
有的科研试验单位不能严格执行有关规定，经费使用存在一定的随意性。同时由于下属单位承担任务能力方面存在着差异，导致内部不同单位间同类人员越来越不平衡。亟待上级单位的宏观调控能力，规范科研项目经费分配办法。
二、加强科研项目经费管理的对策分析
(一)要充分认识科研项目经费管理的重要性，加快科研事业建设步伐
具有代表性的科研项目经费管理的科学化、规范化，在科研研究中起着极其重要的作用，作为科研过程中强有力的保障条件。要充分认识我国科研项目经费管理的重要性。首先，这是实现我军“打得赢、不变质”这一目标，就必须管好用好科研项目经费：同时，这也是提高科研能力的重要保障。其次，这是一笔来之不易的经费。在我国经济还不很发达，国家还不很富裕的情况下，下决心拿出一部分资命投入科研。非常不易。因此，科研项目经费管理，不仅是财务问题，更是严肃的政治问题，事关我国科学技术发展的大局，因此，要本着对国家、对民族、对科技事业负责的态度，千方百计把有限的经费管好用好。
(二)要对利研项目经费实行集中统一核算，专款专用，加强预算和决算管理
国家投入的科研项目经费，不分资金来源，应当逐步人财务部门统一管理，集中核算。财务部门应按项目管理和使用科研项目经费，确保科研项目经费的专款专用。加强预算管理和细化预算编制是国家和科研财务预算管理改革的主要内容之一，随着《关于国家科研计划实课题制管理的规定》的颁布，科研项目经费的预算管理制度也将全面实施。要重视并加强科研项目经费的预算管理制度也必将全面实施。要重视并加强科研项目经费的预算管理工作，改变科研项目经费预算管理比较粗放的现状。科研管理部门和财务部门应在申请科研项目时，协助项目负责人编制真实、合理、有效的经费预算。
(三)要加强科研项目经费结余管理
目前，有些科研单位对科研项目经费结余管理工作重视不够，一定程度上存在结题不结账的问题。要根据实际情况，制定科研项目经费结账管理办法。明确结账时间、结余经费分配比例和用途。结余经费分配时，要兼顾国家、集体和个人利益，合理确定上缴和奖励的分配比例。财务部门要管理和统筹使用好科研项目结余经费。
(四)要重视、加强与科研项目经费有关的固定资产和无形资产的管理
除与科研项目经费资助单位另有约定外，凡使用科研项目经费购置固定资产，均属于国有资产，应当将其纳入国有资产统一核算。加强科研成果的管理和保护，注意科研成果的推广应用。
(五)要规范横向科研活动，重视科研合同管理。
当前科研单位都有一些横向科研项目，对这一块的管理还有一些相对滞后，个别单位横向项目经费使用和管理存在违规问题。要针对横向科研项目经费管理的薄弱环节，完善单位横向科研管理办法，规范横向科研管理。在横向科研活动中，为个人牟取私利、损坏国家、集体声誉和造成国家经济损失的，要追究有关责任人的经济、行政、直至法律责任。重视科研合同管理，制定科研合同管理办法，要按照规定程序审批科研合同。科研管理部门应利用好信息手段，建立科研管理系统，保存科研合同电子档案，实现对合同的有效管理。
(六)要严肃财经纪律
承担科研的单位和部门要自觉遵守财经纪律，严格要求，自省自律，认真查找和纠正在经费管理中、使用中存在的问题。科研项目经费管理部门应对科研项目经费的使用和管理进行定期监督检查和跟踪了解，及时了解项目执行情况及科研项目经费的使用情况，以保证科研项目经费合理使用，项目执行人员应配合财务部门及时清理账目与资产，编制决算报表及资产清单，上报科研项目经费管理部门。
一、当前我国科研项目经费管理存在的主要问题
(一)科研项目经费预算管理弱化
这主要表现在：1、经费预、决算的弱化。在现行的财务中，维持性经费都存在预算不科学的现象，对于专项的科研项目经费本身存在着其特殊性，当然也不能避免编制预算缺乏科研性，科研项目经费的预算与实际存在一定差距。这就导致了计划与保障、监督与控制脱节。降低了经费的整体效益。2、科研项目经费预算执行存在漏洞。不管是维持性经费还是科研项目经费的预算一经批准都将成为今后财务活动的基本依据，但有些项目支出没有严格按计划，按预算开支。有的项目经费支出没有严格执行标准和审批程序，随意增加或扩大科研项目经费的开支范围。因而有必要规范科研项目经费管理，杜绝一些不正常的开支列入成本，维护管理制度的严肃性。
(二)科研项目经费的成本核算管理还需加强
当前我国科研经费的成本核算管理仍然较为薄弱。不能核算科研项目中的各项成本要素支出，尤其是一些间接费用，有的甚至还没有成本核算。水电费、固定资产使用费和各级管理费的核算不能完全据实分摊，有些还是采取计提的方式，从而导致科研项目成本不实。同时还存在着科研项目经费在经费、人员、设备、场地等诸多方面相互交叉，界限不清的现象。因此，要加强我国科研项目经费的成本核算管理，确保科研项目经费产生应有的效益。
(三)财力宏观调控有待进一步加强
有的科研试验单位不能严格执行有关规定，经费使用存在一定的随意性。同时由于下属单位承担任务能力方面存在着差异，导致内部不同单位间同类人员越来越不平衡。亟待上级单位的宏观调控能力，规范科研项目经费分配办法。
二、加强科研项目经费管理的对策分析
(一)要充分认识科研项目经费管理的重要性，加快科研事业建设步伐
具有代表性的科研项目经费管理的科学化、规范化，在科研研究中起着极其重要的作用，作为科研过程中强有力的保障条件。要充分认识我国科研项目经费管理的重要性。首先，这是实现我军“打得赢、不变质”这一目标，就必须管好用好科研项目经费：同时，这也是提高科研能力的重要保障。其次，这是一笔来之不易的经费。在我国经济还不很发达，国家还不很富裕的情况下，下决心拿出一部分资命投入科研。非常不易。因此，科研项目经费管理，不仅是财务问题，更是严肃的政治问题，事关我国科学技术发展的大局，因此，要本着对国家、对民族、对科技事业负责的态度，千方百计把有限的经费管好用好。
(二)要对利研项目经费实行集中统一核算，专款专用，加强预算和决算管理
国家投入的科研项目经费，不分资金来源，应当逐步人财务部门统一管理，集中核算。财务部门应按项目管理和使用科研项目经费，确保科研项目经费的专款专用。加强预算管理和细化预算编制是国家和科研财务预算管理改革的主要内容之一，随着《关于国家科研计划实课题制管理的规定》的颁布，科研项目经费的预算管理制度也将全面实施。要重视并加强科研项目经费的预算管理制度也必将全面实施。要重视并加强科研项目经费的预算管理工作，改变科研项目经费预算管理比较粗放的现状。科研管理部门和财务部门应在申请科研项目时，协助项目负责人编制真实、合理、有效的经费预算。
(三)要加强科研项目经费结余管理
目前，有些科研单位对科研项目经费结余管理工作重视不够，一定程度上存在结题不结账的问题。要根据实际情况，制定科研项目经费结账管理办法。明确结账时间、结余经费分配比例和用途。结余经费分配时，要兼顾国家、集体和个人利益，合理确定上缴和奖励的分配比例。财务部门要管理和统筹使用好科研项目结余经费。
(四)要重视、加强与科研项目经费有关的固定资产和无形资产的管理
除与科研项目经费资助单位另有约定外，凡使用科研项目经费购置固定资产，均属于国有资产，应当将其纳入国有资产统一核算。加强科研成果的管理和保护，注意科研成果的推广应用。
(五)要规范横向科研活动，重视科研合同管理。
当前科研单位都有一些横向科研项目，对这一块的管理还有一些相对滞后，个别单位横向项目经费使用和管理存在违规问题。要针对横向科研项目经费管理的薄弱环节，完善单位横向科研管理办法，规范横向科研管理。在横向科研活动中，为个人牟取私利、损坏国家、集体声誉和造成国家经济损失的，要追究有关责任人的经济、行政、直至法律责任。重视科研合同管理，制定科研合同管理办法，要按照规定程序审批科研合同。科研管理部门应利用好信息手段，建立科研管理系统，保存科研合同电子档案，实现对合同的有效管理。
(六)要严肃财经纪律
承担科研的单位和部门要自觉遵守财经纪律，严格要求，自省自律，认真查找和纠正在经费管理中、使用中存在的问题。科研项目经费管理部门应对科研项目经费的使用和管理进行定期监督检查和跟踪了解，及时了解项目执行情况及科研项目经费的使用情况，以保证科研项目经费合理使用，项目执行人员应配合财务部门及时清理账目与资产，编制决算报表及资产清单，上报科研项目经费管理部门。