随着城镇国有土地使用制度的改革、城市化进程的加快，农村集体土地特别是城市区划内的农村集体建设用地的使用权价值和资产价值凸显出来，交易活动日趋频繁，且符合市场经济的客观需要。总的来看，我国农村集体土地使用权流转总体上是健康的，实践证明它有效地提高了土地的经济效益，促进了农村生产力的发展，是我国农业向现代化和规模化发展的必然趋势。但是，由于规范的土地流转机制尚未形成，流转的过程中还存在一些突出的问题。
　　一、土地“三权”不清。土地的所有权、承包权、使用权权责不清，是土地流转中的核心问题。部分基层干部为了谋求自己的“政绩”和集体收益，把土地作为“第二财政”，以地生财，片面强调集体的土地所有权，强令农民低价留出承包土地，然后由集体统一发包，统一开发，直接违背了土地流转必须由农民自愿的原则，侵犯了农民的土地承包权，违反了党的农村基本政策；有的基层干部对农民未经集体组织审核批准擅自转包出租土地的行为，不闻不问，不加制止，导致集体利益严重损害，集体的土地所有权被侵犯；而有些农民对土地承包三十年不变也存在误解，认为这些土地就是自己的，可以任意处置，于是私租乱包给他人开挖鱼塘虾池等，破坏了农田的灌溉水系；也有的农民在其他田块己经调整生产结构的情况下，硬是顶着不调整，影响了农地的整体布局与开发。目前随着农业结构调整的逐步深入，已调整结构的收益不断提高，让渡土地经营权所取得的收益也将逐步增加，由此而引发的集体(拥有土地所有权)与农户(拥有土地承包权者)互相争夺土地经营全的情况已经越来越突出。
　　二、土地流转机制不健全。市场机制，价格机制，社会保障制度等配套联动机制不健全。目前，我国的土地流转缺乏完整的价格体系，在历史上又没有可供参考的价格，一些地方因缺乏信息中介，更缺乏土地市场，导致土地流转没有完全展开，交易量小，流转价格低。就社会保障而言，我国农村的社会保障体系尚未形成，而进城打工的农民也由于很难取得城市户口而被排除在城市的社会保障之外。这使的农民把土地看得十分重要，仍然把承包土地看成“活命田”和?“保险田”，宁可粗放经营、撂荒弃耕，也不愿将土地出让出去，阻碍了土地流转。
　　三、土地流转效益损失。这主要表现在三方面，一方面不少农村集体完全以税费收缴方式搞土地流转，以税费每亩计价发包农户，费用收归集体，农民既丧失了土地承包权，有丧失了土地流转收益；另一方面，有的乡村以牺牲农民承包地的地价效益作为招商引资优惠条件，以较低地价影响农民将土地出租给进入农业领域的工商企业。同时，名义上“集体提留”，包括土地承包使用费，但是实际上集体提留与土地使用情况并不挂钩，提留多少与土地等级、质量无关，并且提留款并没有专款专用，这就是造成了土地事实上的无价、无偿使用，不利于土地使用权的流转。
　　四、行政干预土地流转。尽管中央一再强调稳定土地家庭承包制，但现在土地归某集体所有，土地发包者是村委会，基层干部仗着土地所有者代表的身份和行政权力，在利益驱动下强迫流转，暗箱操作，从中渔利，严重损害了农民的权益，他们往往以反租倒包等方式，硬性进行调整。其借口主要有三：一是结构调整，将承包土地随意调整搞连片开发；二是规模经营，将承包土地人为集中到大户手中；三是农业产业化，将承包地长时期大面积转租给企业经营。
　　针对农村集体土地使用权流转过程中的问题，我们应当从以下几个方面着手解决问题：
　　一、加强法律和制度建设。农村集体土地所有权的不完全性从根本上讲是国家一直在立法上的表现，它体现了国家对土地资源以及土地市场的垄断。垄断是不适宜市场经济发展的。因此，在当前的社会主义市场经济条件下，应在法律上重新确立农村集体在各项权力上的内容和赋予更完善的权力行使能力，在体现国家在土地市场占主导地位的同时，将农村集体土地使用权纳入有形的土地市场。
　　二、科学界定农村集体土地所有权主体。在此基础上建立严谨的组织结构和明晰具体的产权形态和完善的收益分配制度，这是推行农村集体土地资产化、产业化政策的前提，也是农村集体土地有偿使用、合理流转的前提。
　　三、采取两权分离的方式。在农村集体土地使用权进入有形市场流转的方式上可以借鉴或者采用城镇国有土地使用权有偿使用的模式，实行所有权与使用权相分离，创建农村集体土地使用权有偿、有期限、可抵押、可流动的法律和政策制度，并严格规范程序。具体做法是：
　　（一）根据土地利用总体规划，严格控制土地用途、用地规划，建立报批、逐项审查的流转程序。
　　（二）凸显农村集体土地资产价值，对加入流转的土地使用权，特别是城市规划区域内的农村集体土地中的非农业建设用地，应权属清楚，四至明确，同时进行土地评估，制定出参考地价标准。
　　（三）在城市化进程中，国家对农村集体土地具有优先购买权。也就是说政府对农村集体土地不再实行征用，而是购买，对农民不再进行人员安置，致使将原来的农村户口变为城市户口，人员的安置由壮大后的农村经济组织进行。