流动性问题是制约新三板市场发展的重要因素,而流动性不足是各种市场因素和制度因素共同作用的结果,其中交易制度是重要原因。在梳理新三板市场流动性特征的基础上,本文对交易机制与流动性关系进行实证分析后发现:在做市商制度推出之后,新三板市场的流动性短期内得到改善;创新层进行"大换血"后,新进入创新层的公司流动性更好;在做市转让方式下,投资者人数的增加可较为明显地改善流动性,而在协议转让方式下,投资者人数的增加未能明显改善流动性。在充分考虑现实情况与借鉴国外经验的基础上,本文分别从做市商制度、大宗交易及分层制度三个角度提出了做市商制度引入竞争和竞价制度、大宗交易以及分层差异化三种交易机制优化设计方案,以提高新三板市场的流动性,更好地发挥新三板市场在丰富我国多层次资本市场中的重要作用。