“病悉得除、身心安乐”无疑是药师佛信仰在古代流行的重要基石之一。史学家对中国历史上大型疫病肆虐的统计有两组数据，一是从公元前674年至公元1949年的2632年间，共记载了772年次程度不等的瘟疫;一是自周朝到清朝，疫灾的发生次数至少有460多次。
　　南北朝以降，药师佛信仰一直与病灾息息相关。对于药师佛信仰起源，一是认为受到中东伊朗地中海地区医神的影响;二是认为《药师经》在中国产生，传到印度，后又回传到中国;三是以吉尔吉斯斯坦发现的5-6世纪抄写梵文《药师经》为证据，认为其经典源自印度。
　　中国药师佛信仰自刘宋（420—479）时慧简译出《药师经》后开始流行。其最初是因为药师佛能疗治各种疾患，同时也是佛教对生老病死的关注。现实利益的助长，加上信仰情感的催生，极大深化了药师佛信仰的形成和传播，而药师佛信仰的形成同时又强化了佛教“以医传教”的模式，所以中国古代名医中有很多是僧人，如晋朝的竺潜，唐代法藏与神智。宋代法坚和尚，更是由于医术闻名天下，曾获宋太祖召见，并赐紫方袍，得到官方的大力认可。
　　敦煌藏经洞出土有4件北朝时期的《药师经》写经，其中一件写于北魏太和十一年（487），這说明在南北朝时期敦煌就出现了药师信仰。敦煌藏经洞经卷中有300余部药师经典，莫高窟壁画里有550余尊药师像，药师经变画有110铺之多，可见药师佛信仰的盛极一时。
　　敦煌藏经洞出土的不仅是宗教经典，也有130多件含有475种医方的传统医学经卷，编号P.3596和S.5435等医学卷子中就有预防时疫的方法。而从敦煌出土汉简中记载的病历记录、医生、医疗机构、出诊巡回、药物供给、日作记录、死亡登记等，更能看出，早在西汉时期，敦煌边塞屯戍队伍中，就执行着一整套的医药医务保障制度。