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S面控制器是实践证明有效的水下机器人的运动控制器算法，但参数调整困难．如何针对特定载体选取最佳的控制器参数，是影响到控制效果的重要问题．为了减少参数手工调整所带来的误差和繁琐劳动，提出了水下机器人S面控制器的免疫遗传优化算法．利用免疫算法产生多样性抗体的能力，抗体浓度自我调节，抗原的免疫记忆功能实现了S面控制器参数优化计算的快速收敛，避免了局部峰值的徘徊．给出了S面控制器的推导过程，免疫遗传算法求解的一般过程．详细论述了S面控制器参数免疫遗传优化的具体实现．大量的仿真实验和湖中实验得到了确定性的结果．表明