目的：建立和优化肿瘤蛋白质组研究的方法系统，并分析人肺鳞癌细胞蛋白质组。方法：用固相 pH梯度双向凝胶电泳分离人肺鳞癌细胞系 NCI H520总蛋白，银染显色， PDQuest 2DE软件分析，对部分蛋白质点用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 ( matrix assisted laser desorption/ionization time of flying mass spectrometry， MALDI TOF MS) 测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱，用 PeptIdent软件查询 SWISS PROT数据库。结果：获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳银染图谱，图像分析探测到 3块胶的平均蛋白质点数为 (1146± 116)，平均匹配的点数为 (851± 95)，匹配率达 73.7％， 3块胶在蛋白质点位置上具有较好的重复性， IEF方向的平均偏差为 (1.52± 0.22)mm， SDS PAGE方向的平均偏差为 (1.97± 0.13) mm。随机取 60个蛋白质点进行胶内原位酶解 - 质谱指纹图分析得到了 54个蛋白质点的肽质指纹图，查询数据库初步鉴定了 44个蛋白质，其中部分是与细胞周期有关的蛋白，部分是与信号传导有关的蛋白，部分是与癌基因相关的蛋白。结论：通过该研究建立了一套分辨率和重复性均较好的固向 pH梯度双向凝胶电泳分离细胞总蛋白和银染胶内原位酶解后 MALDI TOF MS肽质指纹图分析鉴定方法。通过该方法系统分析人肺鳞癌细胞 NCI H520蛋白质组成分而获得的资料将有益于人肺鳞癌细胞蛋白质组数据库的建立，从而为肺鳞癌的诊断、预防和治疗提供依据。