基于创新生态系统视阈,将高技术企业创新活动分为技术研发和转化应用两个子系统,在充分考虑创新主体与创新环境相互作用的基础上,构建超效率网络DEA模型和耦合协调度模型,对2009年~2016年间我国30个省份高技术企业的创新效率及系统间的耦合协调度进行评价。研究发现:考察期内我国高技术企业的整体创新效率和子系统创新效率均较高,且转化应用效率略高于技术研发效率,但各地区的创新效率水平存在明显差异;高技术企业传统发展格局面临重整,东部地区发展势头强劲,西部地区后发效应渐显,中部凹陷问题依然严重;一些资源大省、传统产业强省发展不足,而部分西部省区开始崛起。耦合协调分析表明,不同地区高技术企业创新生态系统内部的协调发展水平不同,其中北京、广东、上海等地协调度较高,四川、湖北等地基本协调,内蒙古、青海等则存在系统失调问题。我国创新系统失衡问题将长期存在,但预计四川、贵州、陕西、重庆等地将有明显改善。