bcr-abl融合基因位于染色体t(9;22)(q34;q11),由位于9号染色体上的细胞原癌基因abl部分序列从其正常位置易位至22号染色体的BCR区而形成。在绝大多数病例中,断裂点集中在5.8 kb的M-BCR区,主要形成b2a2和b3a2二种形式的转录物及蛋白质,二者差异仅为75个碱基及25个氨基酸。bcr-abl融合基因及其表达的检测对CML有重要的诊断与预后价值。用Southern印迹杂交、间期或中期染色体原位杂交等方法检测DNA,发现Ph阴性或变异型Ph病人存在bcr-abl融合基因,检测到许多新的融合类型,并确认异基因BMT后白血病的复发是源于自身MRL。用优化的RT-PCR,定量RT-PCR或RNA原位杂交检测RNA,可精确定位罕见或混合的接合型,还发现正常人中bcr-abl基因有低量表达且有随年龄增长而增加的趋势。用Western印迹或酶联免疫反应检测,发现BCR-ABL蛋白与C-ABL蛋白之比在外周血与骨髓中相似且与Ph染色体重排率有线性关系,还发现如果P190继P210之后出现,则CML的预后很差。