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淋球菌和沙眼衣原体的耐药在临床多见。淋球菌的耐药不仅可以通过染色体和质粒介导，还可以通过主动外排系统中的基因突变引起多重可传递耐药，且耐药基因也可通过转化、接合等方式在淋球菌间传递。大观霉素和头孢曲松是我国治疗淋病的首选用药，不再推荐环丙沙星等氟喹诺酮类药物治疗淋病。沙眼衣原体为细胞内寄生菌，相对不易从其它病原体获得耐药基因，对抗生素耐药的机理与特性至今不明，但临床报道耐药多见。我国对沙眼衣原体感染的推荐治疗药物为阿奇霉素和多西环素，替代治疗药物包括红霉素和氧氟沙星等。