闽台学派
　　福建中医药大学是全国最早开展对台教育和享有对台单独招生政策的中医药大学，其主要特色在于弘扬闽台中医药文化、服务海峡两岸经济区。该校成立了台湾中医药研究室、闽台中医药文化文献研究中心。在中医药大学中，这些都为首开先河之举。经过多年的努力，福建中医药大学创建了自己独特的闽台中医药教育交流合作模式，积极探索具有中医传承特色的“师承班”“经典班”教学模式。该校的中医学专业有“5+3”一体化、五年制本科两大方向，设有文科班、师承班和经典班。
　　永嘉医派
　　永嘉医派具有显著的地域特点，无论是医学理论，还是认病识症的观点，以及处方用药的习惯，都带有温州地方特色。温州医科大学正是在永嘉医派的基础上充分利用传统的中医资源，形成了独具特色的永嘉医派教学和研究。如该校的中医学专业教学生用养胃汤治疗胃炎、肠炎、暑湿等多种病症，用平胃散、正气散除湿理气。时至今日，温州的中医还很忌用麻黄、桂枝之类的辛温发汗药物，因为温州东南濒海，地气温湿，有所不宜。
　　新安学派
　　安徽中医药大学的中医学专业是该校最早开设的专业之一，同时也是国家级特色专业建设点、安徽省教改示范专业。该专业坚持理论教学和临床技能培养并重，有 “每日一方”“每日一穴”“每周一术”“每周一技”“每周一法”等多种教学形式，有效地强化临床技能培训，提高了学生临床应诊技能。在教学中，该校注重发挥安徽深厚的中医药底蕴，加强对地域医学——新安医学的研究和传承，在人才培养上具有坚定中医信念、继承和弘扬新安医学传统的鲜明特色。
　　壮医学派
　　壮医诊疗疾病的宝贵经验，多以家庭秘传和“师带徒”的方式流传于民间。壮医学派开展了壮医目诊、药物拔罐、 针挑和大针疗法等项目，有不少区内外患者及澳大利亚、美国等外国友人慕名前来求诊。广西中医药大学自1985年开始招收中国医学史壮医方向硕士研究生，2002年开始招收中医学壮医方向五年制本科生，同时成立了壮医药学院，标志着壮医药高等教育和人才培养进入了新的发展阶段。