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农业是中国-东盟自贸区的区域竞争力所在，知识产权是促进农业可持续发展的制度支撑，农业知识产权由此成为CAFTA建设的战略重点.CAFTA初步建立起了农业知识产权的保护框架、基本原则和初具雏形的争端解决机制，但现有保护体制仅处于起步阶段，具有高度原则化，缺乏实践性、针对性、本土性和统一性。但随着中国-东盟自贸区经贸合作的深化，CAFTA对农业知识产权的保护体制将会得到完善，农业知识产权保护战略共识也会得到进一步深化。