新华书店总店的改制工作虽然受到上级有关部门的重视与关注，但进展却相对缓慢。有专家认为，改制最大的障碍为“新华书店改制国有资本必须控股51%以上”这一底线。
　　据刘国辉介绍，新华书店总店曾先后与行业内外的许多公司进行过洽谈，包括IDG公司、TOM公司、贝塔斯曼公司等国际知名公司，但是都没有最终达成协议。究其原因，一方面是因为这些公司想更多地入股，进而主导总店的业务。刘国辉表示，总店当然希望吸收国外的资本，吸收国外先进的技术和先进的管理经验，但是，中国有自己的国情，通过改制来控制总店的经营这一点目前对我们来说不是特别合适。另一方面，他们对总店认识不足。起初他们认为总店可以管理全国的新华书店，后来发现总店在各个省都没有自己的网点，总店和省店没有上下级的关系，因为他们更重视渠道和网点，所以都去找省店洽谈合资去了。这从一个侧面也反映出省店的优势，使我们更加认识到，总店的改制刻不容缓。
　　改制是“剥离与注入”型的，刘国辉介绍说，总店剥离出储、运、发三大业务的资产和负债与另外10家包括出版社、民营企业和外资公司在内的企业共同组建新华出版物流通有限公司，刘国辉说，新公司可以说是国内第一家真正意义上的中外合资图书批发企业。
　　在新公司中，新华书店总店的股份占到40%，为第一大股东；还有中国出版集团所属五六家出版单位为公司股东，中方投资占总额的73%，除新华书店总店外，其他股东都是以现金方式投入。应该说，这一措施较好解决了总店资金不足的难题。
　　新公司人员有500多人，新华书店总店三分之二的员工都进入这个新公司，外资与民营资本则派出了财务总监。在新公司经营上，新华书店总店仍保持了其独立性。刘国辉说，经营还是以总店为主，其他投资方不干涉总店的经营，只是按照股东会上应得的权利来说话。
　　据了解，新闻出版总署于2004年11月10日批准新公司成立，批复下达一个多月以后的2004年12月11日，WTO规定的国内出版业零售、批发权3年保护期正式结束。
　　无疑，外资企业在图书销售领域有丰富的管理经验和更为雄厚的资本，而民营企业机制灵活，更具市场敏感性。组成新公司的７家出版社也都是国内实力最雄厚的出版社。正是有了这些优势，总店坚定了打造中国书业中盘商的构想。