【摘 要】
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利用iPBS方法从西北牡丹(Paeonia suffruticosa)品种红绣球和中原牡丹品种洛阳红中扩增出相应片段,经回收、克隆及测序,获得了12条来自牡丹LTR类反转录转座子的LTR序列,并用
【机 构】
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河南科技大学农学院,河南省高校牡丹工程技术中心,河南科技大学林学院,
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利用iPBS方法从西北牡丹(Paeonia suffruticosa)品种红绣球和中原牡丹品种洛阳红中扩增出相应片段,经回收、克隆及测序,获得了12条来自牡丹LTR类反转录转座子的LTR序列,并用相关生物信息学软件对序列进行分析。结果表明,这些核苷酸序列表现出较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为313–894 bp,同源性从31.1%–65.8%不等。将其氨基酸序列与已登录的不同植物LTR类反转录转座子LTR氨基酸序列进行聚类分析,结果显示与某些植物相应序列具有较高的同源性,表明可能存在LTR类反转录转座子的横向传递关系。根据克隆出的LTR序列设计SSAP引物,对牡丹29个品种进行了SSAP分子标记分析,结果显示具丰富的多态性。实验验证了用iPBS技术分离牡丹LTR序列的适用性,并为牡丹种质资源评价提供了新的技术手段。
By means of iPBS, the corresponding fragments were amplified from Paeonia suffruticosa and Luoyanghong, and 12 LTR sequences were obtained from peony LTR retrotransposons , And using the relevant bioinformatics software to sequence analysis. The results showed that these nucleotide sequences showed high heterogeneity, mainly showing deletion mutations, ranging from 313 to 894 bp in length and from 31.1% to 65.8% in homology. Cluster analysis of the amino acid sequence and the LTR retrotransposon LTR amino acid sequence of different plants registered showed that it has higher homology with the corresponding sequences of some plants, indicating that LTR reverse transcription may exist Transposon horizontal transmission relationship. SSAP primers were designed based on the cloned LTR sequences, SSAP molecular marker analysis of 29 cultivars of peony showed rich polymorphism. The feasibility of using iPBS technology to isolate LTR sequences of peony was experimentally verified, and provided a new technical means for the evaluation of peony germplasm resources.
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