桃基因密码子使用模式及其偏好性分析

来源 :分子植物育种 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ghj1983
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为深入研究桃密码子使用特征,本研究基于桃(Prunus persica)基因组26 873个注释基因编码序列的GC含量特征、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等参数的计算,统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式.分析结果表明桃密码子使用具有偏好性,61个密码子中存在4个密码子TCA,ACA,GCA,GAA为桃最优密码子,它们均以A结尾.进一步统计桃与其它9种近缘蔷薇科植物的密码子使用频率,发现近缘种属的密码子使用规律具有一定相似性.研究同时发现桃基因组tRNA基因拷贝数与氨基酸及特定密码子的出现频率呈正相关.这些结果揭示了桃基因组密码子的使用模式,为相关密码子使用机制研究及基因工程改良提供了重要的参考.
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