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对创新型企业的创新绩效进行评价，有利于政府部门和管理者对创新型企业创新活动进行管理，本文从创新投入与创新产出角度构建了创新型企业创新绩效评价指标体系，并借助超效率DEA模型计算出安徽省第一批和第二批创新型企业2009和2010年创新绩效效率值，对非DEA有效的企业提出最佳改进策略，从而为全面提升创新型企业创新绩效提供决策依据。