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生物技术专利保护中涉及的利益关系非常复杂，但基本利益主体有三对，即专利权人和社会公众、专利权人和人体基因提供者以及发展中国家和发达国家。对于这些主体之间的利益平衡，首先应确定适度与合理的保护范围，正确处理“限制和反限制”的关系并维持动态的利益平衡，在利益平衡原则指导下协调三对基本利益主体之间的利益关系。