目的:对远志筒与根的HPLC指纹图谱及化学差异性进行分析。方法:对不同批次远志药材样品进行细叶远志皂苷、远志酮Ⅲ和3,6’-二芥子酰基蔗糖的含量测定,优化现有指纹图谱方法,对其进行相似度分析并结合多元统计分析进行综合比较。结果:不同批次远志样品间指纹图谱的相似度较高(均大于0.9),聚类分析与主成分分析发现,远志筒与根可以明显区分,而远志酮Ⅲ与3,6’-二芥子酰基蔗糖含量的高低对分类影响较大。散点图结果显示,不同批次远志药材样品间细叶远志皂苷的含量差异较大;筒中远志酮Ⅲ、3,6’-二芥子酰基蔗糖的含量变化范围较窄,而根中远志酮Ⅲ含量变化范围较大。堆积图结果表明,不能单以某种成分含量的高低来评价药材质量。结论:远志筒与根中3,6’-二芥子酰基蔗糖的含量差异较大。今后应根据临床的不同治疗作用,选择远志不同部位入药,提高临床用药的准确性。