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针对动植物细胞倍性检测的需求,介绍了一种基于流式细胞术（flow cytometry,FCM）原理的动植物倍性检测系统.该系统以EP1C6Q240C8N现场可编程门阵列芯片（FPGA）为控制核心,整体设计包括光路模块、液流模块、信号采集模块、微处理器控制模块、显示模块以及数据处理软件.系统检测标准微球变异系数值cv=2.67,鸡血红细胞cv=7.55.系统重复性测试中标准微球cv相对标准偏差为2.9％、平均荧光强度相对标准偏差为0.73％,实验表明系统性能稳定.该系统在动植物倍性育种中具有广泛的应用前景.