蓝光受体隐花色素(Cryptochromes)在高等植物开花时间调控中发挥重要作用。结合毛华菊转录组数据库,利用RACE技术克隆得到毛华菊CRY2基因,命名为CvCRY2,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学和表达模式分析。结果显示,CvCRY2基因编码区全长为1839bp,共编码613个氨基酸,预测蛋白相对分子量为69.954 kD,理论等电点(p I)为5.69,为亲水性蛋白。同源氨基酸序列比对结果表明,CvCRY2与甘菊、青蒿等功能已确认的CRY2同源性较高,氨基酸序列相似性均达80%以上,与拟南芥AtCRY2的相似性为56.82%;系统进化分析表明CvCRY2与甘菊、青蒿亲缘关系更近;CvCRY2功能结构域分析表明其具有高度保守DNA photolyase区域和FAD＿binding＿7结构域。CvCRY2蛋白二级结构中α-螺旋占38.66%和无规则卷曲占46.49%。利用qRT-PCR技术对毛华菊根、茎、叶、蕾、花和顶芽等组织器官中CvCRY2基因表达进行相对定量分析,发现CvCRY2在叶片中的表达量最高,其次是茎尖、茎、花、花蕾,在根中的表达量最低。CvCRY2响应短日照处理的表达模式分析发现该基因表达丰度受短日照的影响。随着短日照诱导时间的延长,其表达丰度逐渐升高,在短日照诱导16d时出现一个表达高峰。本研究可为毛华菊CvCRY2基因的功能解析及调控机制研究提供参考。