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为开发、利用山西省黄芩属野生资源,对3种黄芩植株的株高、茎、花、叶和根的形态特征进行了调查,发现最明显的区分点为花色、根的形态和颜色特征;随后利用手持数码电子显微镜观察到粘毛黄芩种皮呈现白色,而并头黄芩种子表面分布有大量的瘤状突起;同时分析了黄芩和并头黄芩叶绿体基因组序列的SSR位点,发现二者基因组序列中主要为单核苷酸重复基元A/T和C/G,黄芩叶绿体基因组序列中二核苷酸重复基元为AT/TA,并头黄芩叶绿体基因组中二核苷酸重复基元为AT/AT。在此基础上开发出黄芩和并头黄芩cp SSR引物并对3种黄芩属材料进行筛选,其中有5对引物能扩增出与材料对应的特异性条带。本研究从植株表型、种子形态和分子水平对黄芩、粘毛黄芩和并头黄芩进行了快速、准确的鉴定,可为黄芩属材料的鉴定、开发和利用奠定基础。