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基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析

来源 :四川动物 | 被引量 : 0次 | 上传用户：zjxydn

【摘 要】

：

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG—box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理，利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息，以三

【作 者】

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梁俊毅 陈启龙 

【机 构】

：

南京大学物理系,上海大学电子生物技术研究中心,黄山学院生命与环境科学学院

【出 处】

：

四川动物

【发表日期】

：

2008年6期

【关键词】

：

SOX蛋白 MATLAB 同源建模 三级结构 东北虎 Sox protein   MATLAB   homology modeling  tertiary st 

【基金项目】

：

上海大学博士研究生创新基金（2007053）

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SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG—box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理，利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息，以三级结构已知的SOX2为模板，联合SwissPdbViewer与MATLAB，采用同源建模方法对SOX蛋白HMG—box进行建模、预测；利用MATLAB的VisualizationTool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成；热稳定性分析表明P

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