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闽台高校合作交流渐趋热络，呈现方兴未艾的趋势，但也存在不容忽视的问题。其中老本科和新建本科在教育教学模式、学生管理、分段对接、课程体系、教材建设、实践教学、课程设置、招生就业、赴台研修、师资队伍等方面各有深度探索和优劣。因此，教育行政主管部门在宏观层面，应统筹兼顾，分类指导；福建方面的高校，更应因校制宜，在人才培养模式、产学研合作教育等方面积极探索，努力建构适应闽台合作办学发展的新的、稳定的长效机制。