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在目前的经济发展中微生物工程遇到了前所未有的挑战，特别是农业生物工程及合成化工业的快速发展中，在这些领域中应用的特别的多，因此这些快速的发展使得微生物工程面临着挑战，虽然微生物工程遇到了很大的挑战，但是微生物工程也有他自己的优势，特别是在食品、化工、医药等方面的发展，微生物自身的发展优势特别的明显。