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目的
建立基于SYBR Green I颜色判定的检测新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因的逆转录环介导等温扩增方法(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP),为诊断SARS-CoV-2提供简便、快速和准确可靠的工具。
方法基于GenBank中SARS-CoV-2 ORF1ab基因序列保守区设计引物,经引物筛选和RT-LAMP反应体系优化后进行灵敏度和特异性评价,并与实时荧光定量RT-PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法进行比较。
结果基于颜色判定的RT-LAMP方法可在65℃45 min内完成SARS-CoV-2的快速检测,检测限为3 copies/reaction,与qRT-PCR的敏感度一致。RT-LAMP检测人冠状病毒OC43、人冠状病毒NL63和乙型流感病毒核酸样本结果为阴性,具有较好的特异性。经SARS-CoV-2临床样本验证,RT-LAMP与qRT-PCR的检测符合率达100%。
结论基于颜色判定的RT-LAMP方法灵敏度高、特异性强,适用于SARS-CoV-2的快速可视化检测,具有应用于SARS-CoV-2样本的初筛及基层卫生医疗机构和现场推广的潜力。