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高超声速飞行器再入飞行段需要反推力器进行辅助姿态控制，控制力矩向气动舵面和反推力器的合理分配是再入飞行控制的一个关键问题。文章考虑燃料消耗、舵面偏转状态和误差三要素，将控制分配视为一个多目标优化的问题，提出了一种改进的多目标遗传算法。引入一种改进的模拟退火算法提高局部搜索能力；为保证种群的多样性，提出了一种改进的小生境技术，将距离参数设置为动态的函数，并引入种群的繁殖代数。分别设计燃料消耗、舵面偏转和误差的代价系数、约束条件等，获得多目标Pareto解集，并基于模糊逻辑，在最优解集中寻获最优解。通过仿真验