廉价DNA测序革新基因组学

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  Ion Torrent公司的创始人乔纳森·罗森伯格表示自己的DNA测序技术将彻底革新基因组学,就如同微处理器改变计算机领域一样。
  
  早在2007年,测定人类基因组的DNA序列需花费100万美元,现在则降低到1~2万美元之间。对DNA进行大规模测序有助于发现新的致病基因,也增进了我们对进化和人类历史的认知。Ion Torrent公司的创始人乔纳森,罗森伯格则认为,DNA测序技术将会直接影响到每一个人。他将基因组技术的现状比作个人电脑出现之前的计算机时代。正是微型处理器的出现使得个人电脑和智能手机成为现实,罗森伯格预测,Ion Torrent公司生产的小型廉价的基因测序机器将让DNA测序技术渗透到医药、农业和能源领域中。
  Ion Torrent公司的测序仪售价只相当于其他所谓“下一代”测序仪的十分之一。堪称业界领头羊的LifeTechnologies公司在2010年以3.75亿美元的价格收购了Ion Torrent。
  罗森伯格向《科技创业》解释了自己为何对公司产品期望值如此之高。
  
  科技创业:测序技术将会如何改变医学?
  
  罗森伯格:它会创造一种个人化的医学。我们的测序仪目前只能用于探索性研究,但我们终究会在所有的实验室和临床机构看到它的身影,这也意味着医生们将会利用遗传信息去进行医疗决策,如选择药物等。我们生产的测序仪的价格只有其他测序仪器的十分之一,而速度要快十倍,因此它将是临床遗传学实验室和病理学实验室的理想配置。机器会在几小时内完成测序,医生们通常诊断也差不多要这么长时间。
  
  科技创业:这项技术首先将会被用在什么地方?
  
  罗森伯格:在癌症和感染性疾病的治疗领域中,这项技术已经有所应用。马萨诸塞总医院的研究者正在利用肿瘤样本设置测序系统,主要针对染色体上与癌症相关的200处位点,用于判断潜在的治疗方案,并预测疗效。
  科技创业从人类基因组计划开始,人们就对遗传检测的医学应用谈了很多年,现在有何不同吗?
  罗森伯格:现在绝对是个转折点。以后的病人做个基因组测序就像接受核磁共振或CT扫描那样简单。测序结果不会给出即时的答案,但可以通过测序结果来判断你对疾病的易感性。
  科技创业:测序仪是如何工作的?
  罗森伯格:我们的芯片类似于数码相机中的成像芯片,带有数百万个可以直接探测化学信号的感应器。每个感应器上都制造了一个小小的井状结构,这种井状结构就是一台独立的测序机器。特殊的DNA片段会进入井状结构之中。连在一起串成DNA链的每个碱基对每次落入井中,都会释放一个氢原子,而感应器会检测到释放的氢原子。它的工作原理类似于pH计,只不过它是世界上最小的DH计。
  科技创业:有的机器的DNA分析数量要比你们的多,你们怎样应对?
  罗森伯格:其实我们的个人化基因组机器和世界上第一款视频游戏有些类似。想想最初的电脑游戏有多简单,再看看现在的Xbox。再过几年,我们也能在测序仪器上看到类似的转变。
  现在只能在人类发丝那么大的面积上集成40个传感器。如果制造工艺进一步发展,我们就能在头发丝上集成4000个传感器或者更多。内存芯片上有上亿个记忆单元,我们的芯片也能做到这样,现在我们正在计划制造可以直接检测上亿次同步序列反应的感应器。
  科技创业:你们还未完整地测序人类基因组——这会带来问题吗?
  罗森伯格:我们发现,80%的实验室所希望测序的基因数目为1到500个,而不是外显子或基因组。我们的芯片最初就是针对这个市场的。样品诊断是一个巨大的机遇,临床实验室一次会测定2.5万至10万个样品,每个样品的测序数量为10到500个基因。而在艾滋病检测领域,你需要几百万次重复测定特定的病毒基因,以检查病毒是否发展出对某些药物的抗性。
  科技创业:你曾经创建过多个测序和基因组公司。创建Ion工orrent是遵循什么理念?
  罗森伯格:我们的方式和计算机领域的研究者相同。大而昂贵的设备难以建造、运输,因此我们瞄准的产品市场非常近似于个人电脑。
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