自2011年教育部提出通过实施"2011"计划,建设协同创新中心,进而推动高等学校自发性开展机制体制综合改革,作为高等教育领域继"211工程"和"985工程"之后,所启动实施的第三个体现国家意志的高等教育重大专项计划,全国高等学校都将其视为自身发展的一个重大历史机遇,全国范围内展开了一波轰轰烈烈的协同创新中心建设热潮,但是在热闹背后,高校究竟是如何认识"2011计划"、机制体制综合改革、协同创新中心"实验区"、内涵式发展都还存在差异,本文拟通过对组建培育协同创新中心过程中所客观存在的部分高校一把手校领导对“2011计划”认识不到位,部分校级协同创新中心组建培育存在形式大于内容的现象,部分协同创新中心无法真正形成高校综合改革试点“实验区”效应,部分中心忽视了人才、学科、科研“三位一体”协调发展,校级、省级、国家级三级协同创新中心关系不协调等几个主要问题展开分析,并总结了建设协同创新中心的几个具体建议，提出了高校一把手校领导应正确认识“2011计划”，真抓实干推动机制体制改革，推动人才、学科、科研三位一体协调发展，真正形成高校综合改革试点“实验区”效应，为学校综合改革积累经验，协调处理校级、省级、国家级三级协同创新中心关系的建议。