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分析了面向三维地质建模领域本体层次结构及组成。结合地质语义的特点，提出了突出概念间关系的五元组逻辑结构。提出了一种迭代思想的构建方法，该方法分为需求分析、领域共享词语的字典库构建、本体表示、本体集成和本体评估等几个步骤。以OWL语言描述工具，结合正断层本体实例探讨了面向三维地质建模领域本体逻辑结构的描述和构建方法。