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多层线性模型(MLM)和结构方程模型都是传统线性回归分析的延伸和发展。多层线性模型解决了回归分析只能分析单一层次数据的问题，结构方程模型解决了回归分析只能分析显变量之间关系的问题。但当数据同时即具有多层机构，又具有潜变量的时候，两种分析方法都只能解决部分问题，而多层结构方程模型(MSEM)却可以使这两种分析方法并用于同一个研究中，同时解决数据的多层结构和潜变量的估计问题。