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酶作为功能性生物大分子,在各个领域的作用正日益突出。而其最有价值、最重要的一个特性就是底物选择性。目前,不论是合成新的生物系统,还是寻找可以工业应用的酶制剂,最大的工作量就是研究酶的底物特异性:发现酶的最适底物或寻找最适合需要的酶。目前这些工作一般均通过实验学的手段来完成:在获得新酶之后,利用统计学工具,挑选出最有代表性或最重要的潜在底物逐一试验。这一过程费时、费力、疏漏很大并且绝大多数实验都是负结果、无用功。近年来,随着结构生物学、理论化学和计算生物学的发展, in silico的技术开发逐渐成为热门,若可实现通过计算机进行虚拟的底物分析,将极大的减少浪费、提高效率。