【摘 要】
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转录调控是后基因组时代研究的热点之一,转录因子结合位点(或顺式调控元件)是一类非常重要的功能元素.构建转录因子结合位点数据库是转录调控中的重要工作,从日益增长的相关文献中挖掘转录因子结合位点是构建转录因子结合位点数据库的重要途径.在借鉴QA(question answering)问答系统的基础上,提出以"问题网"Qnet(question net)为核心概念的转录因子结合位点文本挖掘算法Qnet-
【机 构】
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复旦大学计算机与信息技术系 上海 200433
【出 处】
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第二十五届中国数据库学术会议(NDBC2008)
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转录调控是后基因组时代研究的热点之一,转录因子结合位点(或顺式调控元件)是一类非常重要的功能元素.构建转录因子结合位点数据库是转录调控中的重要工作,从日益增长的相关文献中挖掘转录因子结合位点是构建转录因子结合位点数据库的重要途径.在借鉴QA(question answering)问答系统的基础上,提出以"问题网"Qnet(question net)为核心概念的转录因子结合位点文本挖掘算法Qnet-BSTM(Qnet transcription factor binding site text mining),通过训练经过人工标注的文献数据构造系统模型,然后基于此模型利用QA系统方法对文献全文进行转录因子结合位点挖掘.实验结果表明,Qnet-BSTM算法查全率和查准率分别达到79％和72％以上.
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