目的染色体异常和基因突变作为常见的遗传变异类型是许多疾病的致病原因,对染色体进行拷贝数分析和基因序列的变异分析已经广泛应用于遗传病分子诊断、肿瘤诊断、产前诊断和新生儿的疾病诊断。但是从目前主流诊断方法学看,染色体拷贝数和检测基因突变分析是两套不同的技术体系,染色体拷贝数分析一般用核型分析和Array-CGH、SNPArray等基因芯片技术,而基因遗传突变检测主要用测序分析。随着新一代测序技术的发展,高通量测序技术逐渐用于唐氏筛查等拷贝数变异分析,但是如果利用现有的高通量测序平台进行基因突变分析,测序成本高达数千美元,难于在临床推广应用。本研究通过建立新一代测序技术同时进行染色体异常和基因突变分析的方法,为临床提供同时分析突变和拷贝数变异的遗传疾病综合分析方案。方法研究对象例1临床诊断XXX综合征,核型分析为47,XXX;例2经临床诊断为特纳综合征,染色体核型分析为45,X;例3为临床诊断唐氏综合症(经典型),核型分析为47,XY,+21;同时选择6女,3男正常人对照,染色体核型分析分别为46,XX,46,XY。抽取研究对象和对照外周静脉血2-3 ml,提取出基因组DNA,其中3ug DNA被用来构建Illumina标准文库,文库加上接头后的片段长度为300-400 bp。利用北京迈基诺基因科技公司的700种新生儿遗传疾病基因外显子捕获试剂盒,对12个样本进行目标区域的捕获。该试剂盒能够捕获常见的遗传疾病相关基因的所有外显子区域。每个样本的起始文库用量为1 ug,利用Illumina HiSeq 2000对经过试剂盒标准流程捕获的目标DNA进行双端100 bp测序,生物信息学分析得到的测序原始数据。结果将从测序仪上得到的序列结果去除测序数据中的接头和低质量数据等,把短序列用SOAPaligner软件定位到人类基因组数据相应的位置上,所用到参数:soap2.20-a-b-t-v 3-l 42-s 63-m 100-x 400,其中序列错配数为3。然后按照每个外显子作标统计目标区域各自的序列数,各个阳性样本得到的序列数利用正常人对照的序列数进行均一化处理。三个阳性样本经目标序列捕获并进行新一代测序检测,检测的每个目标区域位点的位置信息为横坐标,每个位置相应的均一化后的序列数为纵坐标作图,得出扩增和缺失的分析图,如下: