近年来随着生物高新技术特别是各种组学技术的迅猛发展,为加速扇贝分子育种进程,深入了解扇贝重要性状的遗传基础和调控机理提供了新的契机。但目前已有的组学分析手段或方法多依赖于已知基因组信息和芯片技术,只能在少数模式生物中开展研究。针对这一难题,本课题组研发了一系列适用于扇贝等非模式生物基因组学研究的关键技术手段和分析方法:(1)建立了无需预知基因组信息的全基因组SNP分型技术2b-RAD,可对高达上万个SNP进行高通量分型,具有文库构建快捷,标签密度易于调节,成本低廉等特点;(2)基于建立的无参照基因组的精确基因分型方法,开发了实现共显性和显性标记分型的RAD-typing分型软件包;(3)建立了适用于非模式生物全基因组甲基化谱检测的Methyl RAD技术,可低成本的进行基因组范围内的甲基化位点检测及定量分析;(4)建立了短标签串联测序技术iso RAD,串联标签组合可灵活设置为不同样品、不同酶或不同应用(SNP分型或DNA甲基化检测)的组合。将等长RAD标签测序技术有效结合目前主流的的PE(双端测序)测序策略,提供了更为高效、灵活的全基因组遗传变异和表观遗传变异筛查和检测的手段。