盐碱胁迫在世界范围内对农业生产造成了广泛的影响。紫花苜蓿是一种豆科多年生牧草,在世界范围内广泛种植,一些地方品种对盐和盐碱胁迫具有一定的抗性。为了探索植物对盐碱胁迫的耐受机制,本研究对紫花苜蓿幼苗进行了盐碱胁迫下0天,1天和7天的转录组测序分析。在测序结果中,共获得了53,853个unigene,其中在1天和7天处理下,分别存在2,286和2,233个显著差异表达基因,主要富集于14个GO标签中,初步揭示了植物在短期和长期胁迫应答中的响应通路,包括活性氧代谢,类黄酮代谢,光通路等。其中,109个和96个转录因子分别在1天和7天处理下显著改变了表达模式。相对于盐胁迫响应的数据,本研究筛选了18个在盐和盐碱胁迫下响应存在差异的基因,包括NAC基因,醛酮还原酶,GST等基因,同时通过对植物胁迫下ROS,MDA和叶绿素含量等的生理测定发现,相对盐胁迫,植物抗氧化通路和脱毒通路在盐碱胁迫下十分活跃,可能对植物耐盐碱机制具有重要作用。综上所述,本研究对紫花苜蓿耐盐碱机制的探索提供一个新的视角。