【摘 要】
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克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)干扰素调节因子2(interferon regulatory factor 2,IRF-2)基因cDNA全序列、基因部分序列及其5 调控区.并进行生物信息学分析,氨基酸序列具有高度保守的N端DBD结构域,并且包含6个重复色氨酸.氨基酸同源对比结果显示,三角帆蚌IRF-2氨基酸序列与哺乳动物、鸟类、两栖类和鱼类的IRF-2序列同源性较低,为24.
【机 构】
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上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海201306 上海市高校水产养殖学E研究院,上海
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克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)干扰素调节因子2(interferon regulatory factor 2,IRF-2)基因cDNA全序列、基因部分序列及其5 调控区.并进行生物信息学分析,氨基酸序列具有高度保守的N端DBD结构域,并且包含6个重复色氨酸.氨基酸同源对比结果显示,三角帆蚌IRF-2氨基酸序列与哺乳动物、鸟类、两栖类和鱼类的IRF-2序列同源性较低,为24.3％-32.6％,序列N端的DBD区域的同源性较高,为56.6％-62.8％,而C端的序列同源性更低.系统进化树显示不同亚型的IRF聚类在一起,三角帆蚌IRF-2与其他物种的IRF-2和IRF-1聚为一类.通过直接测序法在两个三角帆蚌群体(野生群体和养殖群体)IRF-2基因中筛选SNPs位点,共获得了12个SNP位点.研究了这些多态性位点与抗逆性状的相关性,其中-1918C-T位点、-3786G-T位点、-3917T-C位点以及-4034C-T位点的基因型频率或等位基因频率在野生和养殖群体中存在显著性差异(P＜0.05),表明IRF-2的SNPs可作为三角帆蚌辅助育种的候选分子标记.
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