【摘 要】
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微卫星序列或简单序列重复(Simple sequence repeats,SSRs)是真核生物基因组中的主要成分,在调控基因表达方面可能具有重要作用.然而,基因内部的SSR特征和种间杂交及多倍
【机 构】
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西南大学农学与生物科技学院,重庆油菜工程研究中心,重庆,400716
【出 处】
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中国作物学会油料作物专业委员会第七次会员代表大会暨学术年会
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微卫星序列或简单序列重复(Simple sequence repeats,SSRs)是真核生物基因组中的主要成分,在调控基因表达方面可能具有重要作用.然而,基因内部的SSR特征和种间杂交及多倍化等对基因内部SSR的影响没有得到重视.为鉴定基因内部SSR的特征,阐述它们在芸薹属多倍化过程中的作用,我们在芸薹属物种的转录子组装序列(Plant Genome Database-assembled unique transcripts,PUTs)中检测SSR.结果表明,与二倍体亲本种白菜和甘蓝相比,异源四倍体甘蓝型油菜含有较高的SSR密度、较多的复合SSR模体、较多的单碱基模体类型和较大的模体重复数.另外,甘蓝型油菜与亲本相比,可检测到较多的含有SSR的PUT序列(SSR-PUT)与胁迫反应和发育过程有关.模体重复数与模体类型数目呈负相关,而模体重复数和SSR总长呈正相关.PUT序列中的SSR(PUT-SSR)可能起源于基因组中富含腺嘌呤/胸腺嘧啶(A/Trich)的区域.在芸薹属PUT序列中,我们成功设计并验证了123对SSR引物,表明含有SSR-PUTs可以用来开发基因内部的SSR功能型标记,从而运用于油菜育种中.这些结果表明种间杂交和多倍化可以诱发SSR的大量爆发,长的SSR趋向于变为较短的SSR,这可能是植物对环境选择和人工选择的一种适应性表现.
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