我国于1985年正式成为《巴黎公约》成员国，《巴黎公约》要求成员国对驰名商标进行法律保护，而我国直到2001年修改新《商标法》后才确立了驰名商标司法认定制度。驰名商标司法认定是指在商标民事、行政案件审理过程中，当事人在其商标权受到侵害，请求驰名商标保护时，法院根据审理案件的需要，对商标驰名情况作出的认定。驰名商标司法认定的主体是有认定管辖权的法院，客体是商标是否驰名的事实，认定的对象是当事人请求驰名商标保护的商标。我国驰名商标实行行政认定和司法认定“双轨制”，在近十五年司法实践中，驰名商标司法认定泛滥，虚假诉讼屡禁不止，使驰名商标司法认定严重偏离立法本意——给驰名商标予以特殊保护，使驰名商标司法认定工作受到负面影响，司法权威受到挑战。虽然2013年《商标法》相关规定的修改对驰名商标司法认定的异化起到一定的遏制作用，但仍然无法解决驰名商标司法认定在制度层面和运行机制中存在的问题。在制度层面，新《商标法》的规定难以根除司法认定的异化问题；由于新《商标法》认定标准和考虑因素的规定较模糊导致驰名商标司法认定和行政认定的法律关系未厘清；驰名商标司法认定的异议制度不完善。在运行机制层面，驰名商标司法认定与行政认定在实践中存在冲突；人民法院之间的认定也存在冲突。本文认为，要解决驰名商标司法认定的制度和运行机制中存在的问题，一是要修改新《商标法》的相关规定，细化驰名商标认定的核心标准；二是要制定统一的驰名商标认定司法解释，细化驰名商标司法认定的考虑因素，建立驰名商标利害关系人异议制度；三是法院和工商行政管理部门要建立沟通协调机制；四是要完善驰名商标司法认定的实务审判机制。