生态环境损害赔偿制度在我国还处于初创期,目前主要依据环境公益诉讼和政府提起的生态环境损害赔偿诉讼来展开。本文不拘泥于不同救济途径的异同之争,选择实践中存在的共通问题及相关制度的衔接进行了研究。文章从生态环境损害的含义着手,分析了生态环境损害的特点及其赔偿制度的主要内容。重点研究了现行的生态环境损害鉴定评估制度、生态环境损害赔偿磋商制度、生态环境损害赔偿诉讼制度、生态环境损害赔偿执行制度。关于生态环境损害鉴定评估制度,本文认为主要存在的问题是:环境损害鉴定评估法律和相关技术标准体系不健全,协调机制不健全,鉴定评估技术体系尚未建立。提出的建议为:完善立法,明确鉴定评估主体、范围、机构;确立严格的鉴定评估机构法律责任和管理机制;法院、双方当事人积极配合,尽量争取到双方当事人的统一意见,从而保障当事人合理利用鉴定申请权,并有效防止由于双方对专业问题反复申请鉴定的情况发生。关于生态环境损害赔偿磋商制度,本文认为主要存在的问题是:生态环境损害赔偿磋商的法律性质不明确;生态环境利益与其他社会公共利益的保护取舍。提出的建议为:明确磋商的内容及程序,强化公众监督和司法救济。关于生态环境损害赔偿诉讼制度,本文认为主要存在的问题是:诉讼性质不明确,起诉主体顺位不明,相关诉讼程序之间缺乏沟通与协调。提出的建议为:进一步立法明确不同诉讼的性质及对应的诉讼请求,理清不同主体的诉讼顺位,让不同的诉讼相互衔接,节约司法资源。关于生态环境损害赔偿执行制度,本文认为主要存在的问题是:生态环境损害赔偿资金的性质及使用范围不明确;生态环境损害赔偿执行程序规定不健全;生态环境损害赔偿资金履行保障缺失。提出的建议为:健全生态环境损害赔偿金管理使用的法律法规;明确赔偿金的使用范围;实行分期支付、非货币支付等新型资金支付方式;建立专门的资金管理机构。