在经济全球化和顾客需求多元化背景下，市场竞争日益激烈，商业零售企业需要进行多方调整来迎合当前市场的变化，供应链之间的竞争逐渐成为企业之间竞争的核心，供应链成本管理也逐渐被很多商业零售企业视为竞争的制胜法宝。生鲜农产品流通过程是商业零售企业经营中重要的一环，如何降低生鲜农产品的流通成本也是企业越来越重视的问题。“农超对接”就是为了减少生鲜农产品流通环节、提高流通效率出现的一种新型农产品供应链模式，但由于我国的“农超对接”的发展还处于初级阶段，规模较小，农户的供应能力和商业零售业需求不对等，应用传统的成本管理没有达到显著的效果。将供应链成本管理应用到“农超对接”模式下生鲜农产品流通中，使商业零售企业能通过整个链条的协调与管控实现成本的最优化，有助于加快建设成本管理体系，提升商业零售企业的核心竞争力和经济效益，实现整个供应链综合效益的飞跃。
　　基于农产品流通视角的“农超对接”模式下商业零售企业供应链成本管理研究综合运用案例分析法和规范研究法。首先，分析“农超对接”模式下商业零售企业供应链成本管理的理论基础，使供应链成本管理的理论与“农超对接”下生鲜农产品流通模式特征相结合，将供应链成本管理的三种方法进行有机整合形成适用于“农超对接”模式下商业零售企业的成本管理模式，由三部分构成，第一部分是以作业成本法为基础的成本核算，第二部分部分是以价值链分析法为主线的成本分析，第三部分是以目标成本法为主导的成本控制。然后，将这种供应链成本管理模式应用到Y公司的“农超对接”模式下生鲜农产品流通过程中，结合具体的案例研究有助于更好地阐述供应链成本管理在商业零售企业中的应用。最后，针对如何加强供应链成本管理在“农超对接”模式下商业零售企业中的应用等问题提出了改善与上下游节点的关系、积极构建完善的“农超对接”模式下生鲜农产品的物流系统的保障措施，以期能够降低生鲜农产品的流通成本，提升商业零售企业的生鲜农产品的流通效率，增加企业收益。