科技企业孵化器具有不同于一般企业的特征，而且发展迅速、类型多样，这决定了必须建立适应其特征的运行质量评价指标体系。目前虽有学者对这一体系进行研究，各地科技部门也针对孵化器出台了相关考核指标，但仍不足以解决孵化器运行质量的评价问题。　　 本文充分考虑了孵化器运行的内、外部环境，深入分析了孵化器的类型、特征、现状、问题、趋势以及目前质量评价指标体系的研究与应用现状，旨在建立一套具备高度可操作性的运行质量评价指标体系。　　 本文参考了西方高校绩效考核的相关方法，咨询了孵化器专家的意见，针对孵化器特征和类型，结合孵化器现状和发展趋势，从投入、过程、产出三个方面设计出科技企业孵化器运行质量的相关指标；并运用层次分析法(AHP法)对各指标权重进行了计算。　　 通过以上研究，笔者得出科技企业孵化器的运行质量评价指标体系。该指标体系反映出过程指标占有最大的权重，这说明服务质量的高低对孵化器的运行质量具有决定性的作用。产出指标反映了孵化器运行的效果，是对孵化器运行质量的事后监控，成为指标体系中的重要组成部分。投入指标在指标体系中占有的权重最低，说明投入指标对运行质量只起到保障作用。　　 本文的研究成果为有关部门评价科技企业孵化器运行质量提供了可借鉴的指标体系与考核思路，也为孵化器改进管理、完善服务、提高自身运行质量提供了参考依据。