在我国“十一五”规划中提到:“统筹协调政策目标和政策手段,搞好财政政策、货币政策、产业政策、区域政策、社会政策和政绩考核间的配合,防止国家政策部门化。”将治理国家政策部门化放在这个高度,是因为它事关国家决策的战略性、全面性和前瞻性,事关公共利益的最终实现,以及社会主义和谐社会的建立。而政策过程中的部门利益倾向,主要体现在政策制定过程当中,具体表现在政策议程拟定、政策规划以及政策合法化这三个制定环节当中。目前,我国公共政策制定中部门利益倾向的治理现状仍然不尽如人意:缺乏可操作性的法律依据、监督力度不够、民主参与的程度化较低等等。究其原因,是因为存在着政治文化排斥、政策参与主体发育不良、机制建设滞后、制度供给不足等多方面的桎梏。从我国内外资企业所得税法合并的艰难历程可窥见一斑:这样一个利国利民的改革新举措几经蹉跎,争论长达6年之久,因为它牵涉财政、税务、商务、海关等众多政府部门、机构,其间的权力和利益博弈关系复杂,从而导致了“两税合一”一拖再拖,可以说,部门利益在政策制定当中起着巨大的阻扰作用。如何有效地治理政策制定中的部门利益倾向,我们可以采取综合措施,主要是从文化构建与道德提升、机制建设的跟进、制度供给的加强,综合治理政策制定中的部门利益倾向。这也是走出该问题的治理困境的前提、关键和保证。