滩涂湿地是重要的国土资源，围垦滩涂为解决沿海人多地少的矛盾，促进地方经济发展有着重要的意义。但是对滩涂的不科学开发，也会造成许多生态上的负面影响。滩涂湿地大规模围垦，底栖生物生境遭到破坏；滩涂湿地不合理的围垦，海湾景观形态改变，水动力作用减小；同时河口出现水体分层，导致大规模的缺氧现象产生。这些变化导致了近海岸地带水质持续恶化。本研究调查了国内沿海各省市近几年的赤潮灾害发生情况，各个沿海省市的海岸线形态，以景观生态学的结构和功能、景观敏感性等理论为指导，景观指数量化为手段，分析不同的海岸形态对海域自净能力的影响；同时还调查了国内与国外各八个典型海湾的景观形态特征，以及它们各自的底栖生物的多样性指数，对海湾的景观格局对水域自净能力的影响进行了探索。本研究通过大量事例研究说明了不同的围垦方式、规模对河口海域水质的影响。本研究着重分析研究了钱塘江围垦前后水域自净能力的变化及其景观机理，对三门湾宴站工程对该水域的影响做了预测。最后提出围垦模式和新建围垦工程的设计理念，使流域能保持水文平衡，达到降低水质污染的目的。