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主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)是脊椎动物体内多态性最高的超基因家族，其表达产物是免疫系统中极为复杂的一类细胞表面转膜蛋白，在免疫反应中起着关键性的作用。普氏野马是现存唯一的真正野马，其野生种群已于上世纪中叶灭绝，现有个体均为12匹圈养保存野马的后代。本研究以中国区普氏野马的“新疆种群”、“甘肃种群”31匹马为对象，利用座位特异性PCR-SSCP基因分型和测序方法对普氏野马MHC-DQA*exon2(马科动物MHC的专有名称为ELA，下称ELA-DQA*exon2)进行遗传变异检测主要研究结果如下:
(1)本实验探明“CTAB+切胶纯化”非损伤DNA研究技术可用于普氏野马MHC遗传多样性检测。
(2)本实验共发现7个ELA-DQA*exon2等位基因，其中4个为该位点的新等位基因。新疆普氏野马种群DQA位点的遗传多样性高于甘肃普氏野马种群。
(3)新疆普氏野马种群中以ELA-DQA3和ELA-DQA4为优势基因，ELA-DQA2、ELA-DQA6为稀有基因;甘肃种群以ELA-DQA为优势基因，ELA-DQA5、ELA-DQA7基因的频率很低。
(4)新疆及甘肃普氏野马种群都不符合Hardy-Weinberg平衡。
(5)本项目测得的ELA-DQA*exon2等位基因间的核苷酸遗传距离为0.012-0.161，泊松校正的氨基酸遗传距离为0.01-0.334，表明普氏野马的MHC基因具有较高的变异性。
(6)从基于本实验数据构建的DQA系统发育树可以看出普氏野马与家马、野驴聚合在一起。