怒江大峡谷(怒江州段)土壤放线菌多样性、生物活性研究

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近些年来,微生物药物的开发和利用势头略显疲软,原因是发现新的有较好生物活性的微生物次生代谢产物需要耗费大量人力物力,而传统的链霉菌属已被反复研究。所以从一些相对新颖的样品来源中分离出未被研究且有高利用价值的放线菌菌株就显得尤为重要。土壤环境样品一直是放线菌资源的“宝库”,虽然它易于获得且被大量研究,但土壤环境在全球内分布广泛、形式多样、理化性质各异,还有很多未知的土壤环境样品没有被人们所研究。本研究所选取的怒江大峡谷怒江州段气候多样、地貌独特、动植物多样性较高,且在土壤放线菌资源方面鲜有报道,应该予以重视。为了全面了解怒江大峡谷怒江州段各样点的土壤放线菌多样性并尽力挖掘其生物活性,本研究从以下方面开展工作:一.通过高通量测序方法对怒江州段7个样品的放线菌多样性进行研究。测序共获得Tag数目474203条,OTU数目15671个,它们分布于细菌域下的47个门、90个纲、170个目、320个科、561个属。具体到放线菌,共检测到9个纲、21个目、53个科、80个属。利用相对丰度图、聚类热图、VENN图、主成分分析图对不同样品中放线菌组成结构及其相似性进行了研究。并结合所测土壤理化性质,总体上比较了不同土壤理化指标对各土壤样品中属水平上细菌及放线菌群落结构的影响。二.通过尝试不同的预处理方法、不同的抑制剂及其浓度以及多种培养基,建立了适合怒江州土壤样品的分离方法,并对样品中放线菌菌株进行分离、培养及鉴定。共获得351株放线菌,分布于8个目,14个科,26个属。所用9种培养基中,YIM171的分离效果最好。通过比较不同样品的放线菌纯培养多样性,丙中洛混合样明显优于其他样品。三.本研究对分离所得放线菌菌株的抗菌活性、功能基因以及酶活性(脲酶、木聚糖酶)进行了筛选检测。各组指示菌抗菌活性实验的阳性率分别为9%、7%、21%、14%、3%、10%,其中对大肠杆菌有抗菌活性的放线菌菌株最多,达到72株。功能基因筛选实验阳性率分别为26%、36%、44%、16%、12%,其中NRPS基因的阳性菌株数目最多。酶活性筛选到木聚糖酶活性菌株38株,脲酶活性菌株42株。四.基于纯培养部分的分离方法和结果,本研究进行了抗生素选择性分离方法的实验。实验方案总体上分为两部分,涉及到两种土壤样品、6种抗生素的多个浓度梯度以及三种培养基,最终所得结果表明将预处理后的丙中洛土壤样品悬液涂布于添加有浓度为80 mg/L阿泊拉霉素的YIM171培养基平板,通过培养可以选择性分离得到小单孢菌属。
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