再生障碍性贫血患者基因突变与临床特征分析

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目的:利用DNA测序技术检测再生障碍性贫血(aplastic aenmia,AA)患者的基因突变,分析基因突变和临床特征的关系,初步探讨基因突变的临床意义。方法:回顾性分析2017年11月-2018年12月在广州市第一人民医院血液内科住院的98例AA患者的临床资料,采集患者的血液或骨髓样本进行全外显子组测序;应用SIFT、Polyphen2、FATHMM三种生物信息学软件针对突变对蛋白结构的影响进行预测;对疑似致病性变异的6例患者及其父母和同胞的血液或唾液DNA进行Sanger测序。运用SPSS 24.0统计软件包进行数据处理,以P<0.05为差异有统计学意义。利用Metascape基因功能分析网站(http://metascape.org/)进行基因功能通路富集。结果:1.98例AA患者共检测到137种基因突变,最常见的突变依次为BCOR/BCORL1(13.3%)、KMT2C(11.2%)、CSMD1(10.2%)、LYST(7.1%)、UNC13D(7.1%)、ANKRD26(6.1%)、BRCA2(6.1%)、SPTA1(6.1%)、FANCA(5.1%)、FANCM(5.1%)、MPL(5.1%)。共检测到282个突变,最常见的突变类型是错义突变(73.8%,208/282)。最常见的单核苷酸变异类型是C>T/G>A。72.7%的基因突变为临床意义未明确的突变,20.9%的基因突变为良性突变,6.4%的基因突变为有害突变。突变基因数目对病情严重程度、病程长短的影响无明显差异(P≥0.05)。2.AA患者基因突变富集通路最多的是髓系细胞分化通路、范可尼贫血通路。3.存在LYST、SPTA1突变的AA患者女性较多,存在FANCA、MPL基因突变的AA患者年龄较小,存在BCOR/BCORL1基因突变的非重型再生障碍性贫血(non-severe aplastic anemia,NSAA)患者较重型再生障碍性贫血(severe aplastic anemia,SAA)和极重型再生障碍性贫血(very severe aplastic anemia,VSAA)患者多,存在ANKRD26基因突变的NSAA患者较SAA和VSAA患者少,差异均有统计学意义(P<0.05)。4.43.9%(43/98)的AA患者存在遗传性骨髓衰竭综合征(inherited bone marrow failure syndromes,IBMFS)相关基因突变。是否存在IBMFS相关基因突变与AA患者的性别、年龄、病情严重程度、病程、血常规等均无明显关系(P≥0.05)。5.27.6%(27/98)的AA患者检出范可尼贫血(Fanconi anemia,FA)相关基因,是否存在FA相关基因突变与AA患者的性别、年龄、病情严重程度、病程、血常规等均无明显关系,但存在2种及以上FA相关基因突变的患者较存在单种FA相关基因突变的患者的病程短,差异有统计学意义(P<0.05)。6.42.9%(42/98)的AA患者存在髓系肿瘤相关基因突变,是否存在髓系肿瘤相关基因突变与AA患者的性别、年龄、病情严重程度、病程、血常规等均无明显关系。本研究截至2020年12年31日,中位随访时间22个月(0-36个月),尚未发现有AA患者转化为骨髓增生异常综合征(Myelodysplastic syndromes,MDS)/急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)。7.AA患者有8种共存突变组合,其中有3例AA患者共同存在FANCA和SPTA1基因突变;有2例AA患者同时存在BCORL1、BRIP1、KMT2E三种基因突变。AA患者有14种与FA相关基因共存突变组合,其中有4例患者共同存在FA相关基因和SPTA1基因突变、4例患者共同存在FA相关基因和UNC13D基因突变。8.对6例AA患者及其父母、同胞进行Sanger测序,验证均为胚系突变,不是直接致病的基因突变位点。结论:1.本研究通过全外显子组测序证实再生障碍性贫血患者普遍存在基因突变,但绝大多数突变是临床意义未明确的突变和良性突变。2.髓系细胞分化通路和范可尼贫血通路可能与AA的发病过程密切相关。3.某些基因突变与AA患者的临床特征相关,如BCOR/BCORL1是AA患者最常见的基因突变,存在此突变的患者可能病情相对较轻。4.范可尼贫血相关基因突变约存在于四分之一的AA患者中,存在2种及以上FA相关基因突变的AA患者可能会加速病程进展。5.髓系肿瘤相关基因突变存在于近一半的AA患者,但存在髓系肿瘤相关基因突变与克隆造血的关系尚不明确,需随访动态观察克隆变化。
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