综合保税区是伴随特殊监管区整合发展而出现的我国对外开放的新平台。综合保税区以加工贸易功能为主,同时具有国际采购、配送、研发、售后服务、贸易等功能。面对区内保税物流模式的发展和保税加工向维修服务等功能的延伸,对现有管理规定的简单叠加不能涵盖所有工作要求又带来监管要求的冲突,现有的检验检疫监管模式已不再全部适用,急需要明确综合保税区检验检疫监督管理的基本思路,构建适应综合保税区发展要求的检验检疫监管模式。本文通过我国综合保税区的设立、管理、运作和发展的现状研究,对地方政府管理体制,海关监管模式,保税物流、维修、检测等典型功能的运作模式的进行梳理,对照现行的检验检疫监管制度,找出现有检验检疫监管模式与综合保税区管理模式、功能发展不适应、不满足的地方。然后从变革企业的监管模式和变革物流监管模式两方面提出综合保税区新监管模式,并提出了构建的途径。本文从理论上为综合保税区这一新的经济区域建立适宜的检验检疫监管模式提供依据。